非法持有枪支的案件通常由公安机关负责办理，具体由公安机关的治安部门或刑事侦查部门进行侦查，之后由检察机关提起公诉，最终由法院进行审判。以下是对这一问题的详细分析：

1. 案件性质与管辖部门：

   • 非法持有枪支属于刑事犯罪行为，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法持有、私藏枪支、弹药的，将受到法律的制裁。
   • 这类案件通常由公安机关负责侦查，因为公安机关是维护社会治安、打击犯罪的主要力量，具备专业的侦查能力和资源。

2. 公安机关的侦查流程：

   • 公安机关在接到报案或发现非法持有枪支的线索后，会立即展开侦查工作。
   • 侦查过程中，公安机关会收集证据、调查取证、询问嫌疑人等，以查明案件事实。
   • 如果证据确凿，公安机关会将案件移送检察机关审查起诉。

3. 检察机关的公诉与法院的审判：

   • 检察机关在收到公安机关移送的案件后，会对案件进行审查，如果认为犯罪事实清楚、证据确实充分，会向法院提起公诉。
   • 法院在收到检察机关的公诉后，会依法进行审判，根据犯罪情节和法律规定，对被告人作出有罪或无罪的判决，并决定相应的刑罚。

4. 特殊情况下的管辖：

   • 在某些特殊情况下，如非法持有枪支案件涉及国家安全、恐怖活动等，可能会由更高级别的公安机关或专门机关负责侦查。
   • 但无论如何，案件的最终审判权都在法院，由法院根据事实和法律作出公正判决。

建议：

• 如果您或您身边的人涉及非法持有枪支的案件，应立即向公安机关自首，并积极配合调查工作。
• 在案件处理过程中，应尊重法律程序，不要试图逃避或抗拒法律制裁。
• 如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。

作为吴礼强律师，我专注于刑事辩护领域，对非法持有枪支等刑事案件有深入的了解和丰富的处理经验。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。