仓管按公司制度赔偿过高，其合法性需要根据具体情况来判断。

首先，我们要明确的是，公司制度本身应当遵循法律法规的规定，不能违反法律的基本原则，如公平、公正、合理等。如果公司制度中规定的赔偿标准明显过高，超出了法律规定的范围或者行业惯例，那么这种制度本身就可能存在问题。

1. 合法性分析：

   • 若公司制度合法：公司制度是在法律框架内制定的，且赔偿标准合理，没有违反法律法规的规定，那么仓管按此制度赔偿过高是合法的。但这并不意味着赔偿金额可以无限制地高，它仍然应当受到法律原则的约束。
   • 若公司制度不合法：如果公司制度本身就不合法，比如赔偿标准过高，违反了法律的公平、公正原则，或者违反了劳动法的相关规定，那么仓管按此制度赔偿过高就是不合法的。

2. 合理性分析：

   • 即便公司制度合法，赔偿金额也应当考虑实际情况，如仓管的过错程度、损失的大小、公司的经济状况等因素。如果赔偿金额过高，与这些因素不相符，那么从合理性的角度来看，也是值得商榷的。

3. 建议：

   • 对于仓管来说，如果认为赔偿金额过高，可以与公司进行沟通，提出自己的意见和理由，争取更合理的赔偿方案。
   • 如果沟通无果，仓管也可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，比如申请劳动仲裁或者提起诉讼。

综上所述，仓管按公司制度赔偿过高的合法性需要根据公司制度的合法性、赔偿金额的合理性以及实际情况来判断。如果公司制度合法且赔偿金额合理，那么赔偿过高是合法的；反之，则可能不合法。如果你在这方面有具体的法律问题，可以直接向我咨询。