若公司已支付100万且员工存在讹诈行为，公司可立即采取以下法律措施，具体分情况处理：
立即固定证据并报警，追究员工刑事责任
- 若员工通过虚构事实、伪造证据（如伪造合同、医疗记录、虚构损失等）或隐瞒真相的方式，以非法占有为目的向公司索要100万，且公司已支付，该行为可能构成诈骗罪（刑法第266条）。
- 公司需立即收集证据：包括员工索要钱款的书面/录音证据、虚构事实的证明（如伪造的合同、虚假发票、第三方证人证言等）、公司支付凭证（转账记录、收据等）。
- 报警后，公安机关会立案侦查，若证据充分，员工可能面临10年以上有期徒刑或无期徒刑（诈骗数额特别巨大，100万属于“数额特别巨大”标准）。
同步提起民事诉讼，要求员工返还钱款并赔偿损失
- 若刑事立案困难（如证据不足），公司可单独提起民事不当得利之诉，要求员工返还已支付的100万及利息。
- 若员工行为同时构成侵权（如恶意诽谤、损害公司名誉），公司可追加侵权赔偿请求，要求员工赔偿因讹诈行为导致的直接经济损失（如业务停滞损失、公关费用等）。
若公司内部存在管理漏洞，需同步自查并完善制度
- 若员工讹诈行为与公司内部审批流程疏漏有关（如未核实事实即批准支付），公司需立即审查财务审批制度、合同管理流程，避免后续重复风险。
- 例如：若员工利用职务便利伪造领导签字骗取款项，公司需追究相关审批人员的管理责任，并加强用印管理、审批权限分级等制度。
关键提醒：公司需在支付后第一时间固定证据（如保留员工索赔的原始沟通记录、支付前要求员工签署“款项性质确认书”等），避免员工事后否认讹诈意图。若已支付且未留存证据，需尽快通过补救措施（如诱导员工承认事实的录音、书面追问等）收集证据。
后续建议：若公司已支付但未报警，建议立即联系我协助梳理证据链，制定刑事报案+民事追偿的双重方案，最大限度挽回损失。