结论：在劳动仲裁中，若合同仍然有效且员工已履行合同义务，而用人单位未支付工资，员工有权要求补发合同期间的工资。
详细分析：
合同有效性：
- 首先，需要确认劳动合同的有效性。如果劳动合同是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该合同是有效的。在合同有效期内，双方都应按照合同约定履行各自的义务。
员工履行合同义务：
- 员工在合同期间内已经按照合同约定提供了劳动，这是员工履行合同义务的表现。员工有权根据合同约定获得相应的劳动报酬。
用人单位未支付工资：
- 如果用人单位在合同期间内未按照合同约定支付工资，那么用人单位就构成了违约。员工有权要求用人单位补发未支付的工资，并可能要求用人单位承担违约责任。
劳动仲裁的申请：
- 员工可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位补发合同期间的工资。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明自己的主张。
可能的法律后果：
- 如果劳动仲裁机构认定用人单位确实存在未支付工资的行为，那么用人单位将被要求补发工资，并可能面临罚款、赔偿等法律责任。同时，用人单位的信誉和形象也可能受到损害。
法律建议：
- 收集证据：在申请劳动仲裁前，员工应尽可能收集与工资支付相关的证据，如劳动合同、工资条、银行转账记录、考勤记录等。这些证据将有助于证明员工的主张。
- 咨询专业律师：虽然我可以为你提供法律咨询，但在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同。因此，在申请劳动仲裁前，建议你咨询专业律师，以便更准确地了解自己的权益和可能的法律后果。
- 及时申请劳动仲裁：如果用人单位未支付工资，员工应及时向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。拖延时间可能会导致证据丢失或法律时效过期等问题。
特殊情况说明：
- 如果劳动合同中存在特殊条款，如工资支付方式、支付时间等，且这些条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么双方应按照合同约定执行。但如果这些条款存在显失公平或违法的情况，员工有权要求变更或撤销这些条款。
- 如果用人单位因经营困难等原因暂时无法支付工资，但已与员工达成延期支付协议，并明确约定了支付时间和方式，那么员工应按照协议约定等待工资支付。但如果用人单位未按照协议约定支付工资，员工仍有权申请劳动仲裁要求补发工资。
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