宠物医院开在底商裙楼是否合法，需结合具体情况判断，主要涉及规划用途、环保要求及相邻权保护三方面法律问题。以下从不同角度详细分析：

1. 规划用途是否符合要求

根据《民法典》第二百七十九条及《物业管理条例》相关规定，业主不得违反法律、法规以及管理规约，将住宅改变为经营性用房。若底商裙楼规划用途为“商业”，则开设宠物医院属于合法经营；若规划用途为“住宅”或“其他非商业用途”，则需满足以下条件：

• 经有利害关系的业主一致同意：包括本栋建筑物内的其他业主，以及建筑区划内本栋建筑物之外能证明其房屋价值、生活质量受到或者可能受到不利影响的业主。
• 办理工商登记及行政许可：需向市场监管部门申请营业执照，并向农业农村部门申请《动物诊疗许可证》，确保符合动物防疫条件。

示例：若底商裙楼规划用途为“商业”，且已取得相关许可证，则合法；若规划用途为“住宅”，即使业主同意，也可能因违反规划用途被认定为违法。

2. 环保要求是否达标

宠物医院可能产生噪音、异味、医疗废物等污染，需符合《环境保护法》《大气污染防治法》《固体废物污染环境防治法》等规定：

• 噪音控制：需采取隔音措施，确保经营期间噪音不超过《社会生活环境噪声排放标准》（GB 22337-2008）规定的限值。
• 异味处理：需安装排气设备，定期清理宠物粪便，避免异味影响周边居民。
• 医疗废物处理：需与有资质的医疗废物处置单位签订协议，确保感染性废物、病理性废物等安全处置。

后果：若未达标，可能被生态环境部门责令整改、罚款，甚至停业整顿。

3. 相邻权保护是否到位

根据《民法典》第二百八十八条，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。宠物医院需避免对周边居民造成以下影响：

• 噪音干扰：经营时间应避开居民休息时间（如晚10点至早8点）。
• 异味扩散：需定期清洁消毒，避免异味飘入居民住宅。
• 动物安全：需采取措施防止宠物逃逸或伤人，确保公共安全。

示例：若宠物医院夜间营业产生噪音，或未清理宠物粪便导致异味，周边居民可依据《民法典》第二百八十八条要求其停止侵害、排除妨碍。

建议行动步骤

1. 核查规划用途：向当地自然资源部门查询底商裙楼的规划用途，确认是否为“商业”。
2. 办理行政许可：向市场监管部门申请营业执照，向农业农村部门申请《动物诊疗许可证》。
3. 评估环保影响：委托专业机构进行环境影响评估，确保符合环保要求。
4. 协商相邻关系：与周边业主沟通，取得书面同意，并签订协议明确权利义务。

若您需进一步确认具体合规性或处理纠纷，可直接向我咨询，我将结合当地政策及案例提供详细方案。