关于公司注册资金50万在离婚时的判决问题，这主要涉及公司股权的分割，核心结论取决于股权是否属于夫妻共同财产，以及双方协商或法院判决的具体情况。以下分情况详细说明：

1. 若股权属于夫妻共同财产
   若公司是在婚姻关系存续期间设立，且双方未对股权归属作特殊约定（如婚前协议、财产约定等），则注册资金50万对应的股权通常视为夫妻共同财产。离婚时，股权分割方式包括：

   • 协商分割：双方可自行协商股权比例或一方取得股权、另一方获得补偿（如折价款）。
     
   • 法院判决：若协商不成，法院可能根据股权价值、双方贡献、子女抚养等因素，判决一方持有股权并支付另一方折价款，或双方按比例持股。
     注意：若公司有其他股东，需优先保障其他股东的优先购买权（如《公司法》第71条）。

2. 若股权属于个人财产
   若公司注册资金来源于一方婚前财产，或双方明确约定股权归一方所有（如婚前协议），则股权属于个人财产，离婚时不分割。但需注意：

   • 婚后增值部分：若股权在婚后因经营产生增值（如公司盈利、资产增值），增值部分可能属于夫妻共同财产，需分割。
     
   • 举证责任：主张股权为个人财产的一方需提供充分证据（如出资凭证、协议等）。

3. 特殊情况处理

   • 隐名股东问题：若一方实际出资但登记在他人名下，需先通过法律程序确认股权归属，再分割。
     
   • 公司负债：若公司存在未清偿债务，分割股权时需一并考虑债务承担问题，避免一方分割股权后仍需承担债务。
     
   • 税务成本：股权转让可能涉及个人所得税、印花税等，需提前规划税务方案。

建议行动：

1. 梳理公司设立时间、出资来源、股权变更记录等证据，明确股权性质；
   
2. 评估公司当前价值（可委托专业机构评估）；
   
3. 优先与对方协商分割方案，若无法达成一致，及时向法院起诉并提交相关证据。
   

如有进一步疑问（如具体证据准备、评估方法等），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细建议。