核心结论：丈夫公司注册资金1000万由其父亲公司出资，离婚时该公司的财产分割需分情况讨论，主要取决于公司性质、出资性质以及夫妻双方对公司的贡献等因素。以下分情况具体说明：

1. 若公司为有限责任公司，且出资为父亲公司对丈夫的赠与
   • 若赠与协议明确只归丈夫一方所有：根据《民法典》第一千零六十三条，遗嘱或者赠与合同中确定只归一方的财产，为夫妻一方的个人财产。此时，这1000万注册资金对应的公司股权或相关权益属于丈夫的个人财产，离婚时不进行分割。
   • 若赠与协议未明确只归丈夫一方所有：在没有特别约定的情况下，这1000万注册资金对应的公司股权或相关权益可能被视为夫妻共同财产。离婚时，原则上夫妻双方平均分割，但会综合考虑双方对公司的贡献、婚姻存续时间等因素进行适当调整。例如，如果丈夫在公司经营中付出了大量时间和精力，而妻子未参与公司经营，法院可能会在分割时给予丈夫更多的份额。
2. 若公司为有限责任公司，且出资为父亲公司对丈夫所在公司的投资
   • 此时，这1000万注册资金属于丈夫所在公司的资本，丈夫作为公司股东，其持有的股权价值取决于公司的经营状况、资产状况等因素。离婚时，分割的是丈夫所持有的公司股权价值，而非直接分割这1000万注册资金。
   • 股权价值的评估需要由专业的评估机构进行，评估时会考虑公司的净资产、盈利能力、市场前景等因素。分割时，夫妻双方可以协商确定股权的归属，或者通过拍卖、变卖股权后分割价款等方式进行处理。如果双方协商不成，法院会根据具体情况判决股权的归属，并给予另一方相应的经济补偿。
3. 若公司为一人有限责任公司，且丈夫为唯一股东
   • 若能证明公司财产独立于丈夫个人财产：根据《公司法》第六十三条，一人有限责任公司的股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的，应当对公司债务承担连带责任。但如果丈夫能够证明公司财产独立于其个人财产，那么这1000万注册资金对应的公司财产属于公司财产，离婚时不直接分割公司财产，而是分割丈夫所持有的公司股权价值。分割方式与上述有限责任公司股东股权分割方式相同。
   • 若不能证明公司财产独立于丈夫个人财产：此时，丈夫可能需要对公司债务承担连带责任，离婚时，这1000万注册资金对应的公司财产可能会被视为夫妻共同财产进行分割，但同时也要考虑公司债务的承担问题。如果公司存在债务，夫妻双方可能需要先共同承担债务，然后再对剩余财产进行分割。

建议：离婚时公司财产分割是一个复杂的问题，涉及到公司法、婚姻法等多个法律领域。如果面临这种情况，建议收集相关证据，如公司章程、出资协议、赠与协议、公司财务报表等，以便在分割财产时能够充分维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。