结论：双方签署合同，一方先盖章，另一方用电子版打印后盖章，这种操作在法律上是否有效需分情况讨论，关键在于合同是否满足“双方真实意思表示一致”及“符合法定形式要求”这两个核心要件。具体分析如下：

1. 若电子版合同内容与先盖章方持有的版本完全一致，且双方均认可合同内容

根据《民法典》第469条，书面形式包括合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式，以电子数据交换、电子邮件等方式能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，视为书面形式。
若双方通过电子邮件、即时通讯工具等确认了合同内容（如先盖章方通过邮件发送电子版，另一方回复“同意”），且打印后盖章的版本与确认内容一致，则合同成立且有效。此时，先盖章方的盖章行为与后盖章方的打印+盖章行为，共同构成双方对合同内容的确认，合同效力不受影响。

2. 若电子版合同内容与先盖章方持有的版本不一致，或一方否认合同内容

若后盖章方擅自修改了电子版合同内容（如调整条款、金额等），而先盖章方未对修改内容表示同意，则合同可能因“意思表示不一致”而无效。此时，后盖章方的行为可能构成单方变更合同，需承担违约责任或缔约过失责任。
此外，若合同涉及特殊形式要求（如需公证、登记等），仅通过电子版打印+盖章可能无法满足法定形式，导致合同未生效（如房屋买卖合同需网签备案）。

3. 实务建议：降低风险的3个关键步骤

• 明确合同版本：双方在签署前应通过邮件、短信等方式确认合同最终版本，避免内容歧义；
  
• 保留沟通记录：保存双方就合同内容协商的聊天记录、邮件等，证明“意思表示一致”；
  
• 优先使用电子签名：若条件允许，可通过第三方电子合同平台（如法大大、e签宝）签署，利用CA认证技术确保合同未被篡改，法律效力更高。

总结：电子版打印后盖章的合同是否有效，核心看双方是否对同一版本内容达成合意。若内容一致且无形式障碍，合同有效；若内容不一致或存在形式瑕疵，可能影响效力。如有具体合同需审核，可直接向我提供细节，我会进一步分析。