结论：在符合相关法律法规要求的前提下，合同中使用电子印章是完全合法的，且与传统手写签名或盖章具有同等的法律效力。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国民法典》
- 根据《民法典》第四百六十九条，书面形式不仅限于传统的纸质合同，还包括能够有形地表现所载内容并可以随时调取查用的数据电文。电子合同作为数据电文的一种形式，在满足一定条件下，被视为书面形式，因此可以使用电子印章。
《中华人民共和国电子签名法》
- 该法第三条确认了电子签名的法律效力，规定在民事活动中，当事人可以约定使用电子签名和数据电文，且不得仅因其形式而否定其法律效力（除非涉及特定排除范围，如婚姻、收养、继承等）。
- 第十四条进一步强调，可靠的电子签名与手写签名或盖章具有同等法律效力。
- 第十三条详细列出了构成可靠电子签名的条件，包括签名制作数据的专有性、控制性、改动可发现性等。当电子印章满足这些条件时，即视为可靠的电子签名。
二、电子印章的合法性及效力
- 电子印章本质上是电子签名的一种可视化表现形式，只要它符合《电子签名法》中关于可靠电子签名的条件，就具有法律效力。
- 在合同中加盖电子印章，只要该电子印章是可靠的，即满足上述法律要求的条件，那么它就与传统的手写签名或盖章具有相同的法律效力。
三、实际应用中的注意事项
确保电子印章的可靠性
- 在使用电子印章前，应确保其符合《电子签名法》中关于可靠电子签名的所有条件，包括电子签名制作数据的专有性、控制性、改动可发现性等。
- 可以选择使用经过国家认证的电子签名服务提供商提供的电子印章服务，以确保其合法性和可靠性。
明确双方约定
- 在签订合同时，双方应明确约定使用电子印章的方式和效力，以避免后续可能出现的争议。
- 可以在合同中增加相关条款，明确电子印章的使用规则、法律效力以及争议解决方式等。
遵守相关法律法规和技术标准
- 在使用电子印章签订合同时，应遵守相关的法律法规和技术标准，如《电子签名法》、《民法典》等。
- 确保电子印章的制作、存储和使用过程符合安全要求，防止被篡改或盗用。
保留完整的电子签约日志
- 为了在发生纠纷时能够提供充分的证据，建议保留完整的电子签约日志，包括电子印章的使用时间、地点、操作人员等信息。
四、特殊情况下的考虑
- 虽然电子印章在大多数情况下都是合法且有效的，但在某些特殊领域或情况下，可能仍需要使用传统的手写签名或盖章。例如，涉及不动产登记、婚姻协议等领域的合同，可能仍要求纸质盖章。
- 跨境合同也需要注意不同法域对电子签名的认可度差异，以确保电子印章在目标法域内的法律效力。
总结：合同中使用电子印章是完全合法的，并且具有与传统手写签名或盖章同等的法律效力。但在实际操作中，仍需注意遵守相关法律法规和技术标准，确保电子印章的可靠性和安全性。如果您在使用电子印章签订合同过程中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。