双方可以对共建在集体土地上的房屋产权划定订立协议，但该协议的效力及具体实施会受到多方面因素影响，具体情况如下：
协议效力层面
- 有效情形：如果双方均为集体经济组织成员，且共建房屋符合当地集体土地使用政策（例如经过合法审批、符合村庄规划等），双方自愿签订的产权划定协议，在不违反法律、行政法规强制性规定，不违背公序良俗的情况下，一般是有效的。例如，同一集体经济组织的两位村民，共同出资在集体土地上建造房屋，并签订协议明确各自所占产权份额，这种协议通常具有法律效力。
- 效力待定或无效情形：若其中一方或双方并非集体经济组织成员，根据现行法律规定，非集体经济组织成员一般不能取得集体土地上房屋的完整产权。此时双方签订的产权划定协议，可能因违反法律强制性规定而无效。比如，城市居民与农村村民合作在农村集体土地上建房并划分产权，这种协议就可能面临无效的风险。不过，如果该协议仅在双方内部对出资、使用等方面进行约定，不涉及产权的非法转让，可能不会被直接认定为完全无效，但也会存在效力瑕疵，在涉及第三方权益或面临政策调整时，可能会引发纠纷。
产权登记层面
- 登记困难：集体土地上的房屋产权登记相对复杂，尤其是涉及到非集体经济组织成员参与共建的情况。即使双方签订了产权划定协议，由于非集体经济组织成员不符合集体土地上房屋产权登记的主体资格要求，很难将房屋产权按照协议约定登记到其名下。例如，城市居民与村民共建房屋后，即便协议约定城市居民拥有部分产权，但在办理房产证时，城市居民这部分产权可能无法得到登记确认。
- 登记可能性：如果双方均为集体经济组织成员，且共建房屋符合相关规定，在签订产权划定协议后，可以按照当地集体土地上房屋产权登记的流程，向相关部门申请办理产权登记，将各自的产权份额明确登记在房产证上，从而获得法律上的产权保护。
协议履行与纠纷解决层面
- 履行风险：由于集体土地上房屋产权的特殊性，在协议履行过程中可能会出现各种问题。比如，因政策调整导致房屋面临拆迁，此时关于拆迁补偿款的分配可能会引发双方争议。如果协议约定不明确，双方可能无法按照预期获得相应的补偿。
- 纠纷解决：一旦双方就产权划定协议产生纠纷，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在诉讼中，法院会根据协议的具体内容、双方的出资情况、实际使用情况以及相关法律法规和政策规定，综合判断协议的效力及双方的权利义务，作出公正的裁决。
建议：在签订共建集体土地上房屋产权划定协议前，双方应充分了解当地的集体土地使用政策和房屋产权登记规定，确保协议内容合法合规。必要时，可以咨询专业律师，对协议进行审查和修改，以降低法律风险，保障自身合法权益。如果你有相关法律问题，欢迎随时向我咨询。