结论：在公司有三个股东的情况下，员工劳动合同的签订主要取决于公司的组织形式和股东之间的约定。一般来说，员工劳动合同应与公司签订，而非直接与股东签订。以下从不同角度进行详细分析：
一、公司组织形式与劳动合同签订
有限责任公司或股份有限公司：
- 在这两种组织形式下，公司是独立的法人实体，拥有独立的财产权和责任能力。
- 员工劳动合同应由公司作为雇主与员工签订，明确双方的权利和义务。
- 股东作为公司的投资者，不直接参与劳动合同的签订，除非股东同时担任公司的法定代表人或高管，并代表公司签订合同。
合伙企业（若适用，但通常不涉及股东概念）：
- 合伙企业并非本题重点，但值得注意的是，在合伙企业中，合伙人可能直接参与经营并与员工签订合同，但这与股东的概念不同。
- 在本题中，我们主要讨论的是有限责任公司或股份有限公司的情况。
二、股东角色与劳动合同签订
股东作为投资者：
- 股东的主要职责是提供资金、参与公司决策和分享利润，而不是直接管理公司日常事务或与员工签订劳动合同。
- 股东不直接对员工承担劳动合同下的义务和责任。
股东兼任公司职务：
- 如果股东同时担任公司的法定代表人、董事、监事或高管等职务，他们可能代表公司签订劳动合同。
- 但即便如此，合同上的雇主仍然是公司，而非股东个人。股东个人不承担因劳动合同产生的直接责任（除非存在个人担保或特殊约定）。
三、实际操作建议
明确合同主体：
- 在签订劳动合同时，应明确合同主体为公司，而非股东个人。
- 合同中应包含公司的全称、注册地址、法定代表人等信息，以确保合同的合法性和有效性。
遵守法律法规：
- 在签订劳动合同时，应遵守《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定。
- 确保合同内容合法、合规，避免侵犯员工的合法权益。
股东间约定：
- 如果股东之间有特殊约定，如某股东负责特定部门的员工招聘和管理，这并不改变劳动合同的签订主体。
- 股东间的约定应通过公司章程或股东协议等文件进行明确，并确保不违反法律法规的规定。
四、特殊情况处理
- 如果公司存在特殊情况，如股东个人直接参与经营并希望与员工签订劳动合同，这通常不是常规做法，且可能带来法律风险。
- 在这种情况下，建议咨询专业律师以评估风险并制定合适的法律策略。
总结与建议：在公司有三个股东的情况下，员工劳动合同应与公司签订，而非直接与股东签订。股东作为投资者不直接参与劳动合同的签订和履行。如果股东同时担任公司职务并代表公司签订合同，应明确合同主体为公司。在签订劳动合同时，应遵守相关法律法规的规定，并确保合同内容合法、合规。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。