对于行政执法监督中遇到事实清楚、证据确凿的案件，处理方式需严格遵循法定程序和实体规范，具体可分为以下两种情形：
若行政行为合法合规
监督机关经审查确认行政行为实体合法、程序正当（如处罚主体适格、事实认定准确、证据充分、适用法律正确、程序无瑕疵），将依法维持原行政行为。例如：市场监管部门对某企业作出罚款决定时，已充分调查取证、履行告知义务，且处罚幅度符合法律规定，监督机关将支持该决定。
若行政行为存在程序或实体瑕疵
即使事实清楚、证据确凿，若行政行为存在程序违法（如未告知陈述申辩权、超期作出决定）或实体瑕疵（如处罚幅度明显不当、未考虑从轻情节），监督机关仍可依法作出处理：
法律依据与监督方式：
根据《行政处罚法》《行政强制法》及地方行政执法监督条例，监督机关可通过实地检查、调阅案卷、询问当事人等方式核查事实证据，并采取通报批评、责令改正、建议追责等监督措施。若涉及重大违法，还可能移送纪检监察机关处理。
温馨提示：
若您或您的企业遇到行政执法争议，建议及时固定相关证据（如处罚决定书、现场笔录、沟通记录等），并从事实认定、证据链完整性、程序合法性、法律适用准确性四方面梳理争议点，以便更高效地维护权益。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。