与非法营运车辆发生事故，责任认定需依据相关法律法规，综合考虑事故双方的行为、过错程度以及事故发生的具体情况来判定。以下是对此问题的详细分析：
一、责任判定的基本原则
- 依法判定：根据《中华人民共和国道路交通安全法》、《道路交通事故处理程序规定》等法律法规，对交通事故的责任进行公正、客观的判定。
- 综合考虑：责任判定需全面考量事故双方的行为、道路状况、天气条件等多种因素，以及各方过错与事故发生之间的因果关系。
二、责任判定的具体情形
因非法营运违规导致事故：
- 若非法营运车辆驾驶员存在超速、超载、酒驾、疲劳驾驶等严重违规行为，且这些行为直接导致事故发生，则驾驶员通常需承担主要责任甚至全部责任。例如，非法营运车辆因超载导致刹车失灵，进而引发追尾事故，驾驶员应承担主要责任。
因对方过错导致事故：
- 若事故主要由对方的过错行为（如闯红灯、逆行、未保持安全距离等）引起，非法营运车辆驾驶员虽存在非法营运行为，但若其驾驶行为合规，则可能仅承担次要责任或无责任。例如，对方车辆闯红灯导致与正常行驶的非法营运车辆相撞，对方应承担主要责任。
双方均有过错：
- 在双方都存在一定过错的情况下，应根据各自行为对事故发生的作用大小及过错严重程度，分别判定为主要责任、同等责任或次要责任。例如，非法营运车辆超速行驶，同时对方车辆未按规定让行，导致事故发生，双方可能承担同等责任。
三、非法营运行为对责任判定的影响
民事赔偿方面：
- 非法营运车辆往往未购买相应的营运保险，事故发生后可能面临保险赔偿不足的问题。保险公司可能依据保险合同条款拒绝承担商业险部分的赔偿责任，因此非法营运车主需自行承担更大的民事赔偿责任。
行政处罚方面：
- 交通管理部门在处理事故时，会另案对非法营运行为进行查处，依据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法规，对非法营运车主予以罚款、没收违法所得、吊销营运许可证等行政处罚。
刑事责任方面：
- 若非法营运行为导致严重后果（如重伤、死亡），且符合交通肇事罪的构成要件，非法营运者还可能被依法追究刑事责任。
四、责任判定的流程与争议处理
- 报警处理：发生交通事故后，当事人应立即拨打报警电话，请交警到达现场进行处理。
- 现场调查：交警到达现场后进行现场处置、调查，收集相关证据，包括现场勘查、询问当事人、调取监控录像等。
- 责任认定：交通管理部门根据调查结果，出具交通事故责任认定书，明确各方责任。
- 争议处理：当事人对责任认定结论不服的，可以在规定时间内申请重新鉴定或复核，以确保判定的公正性和准确性。
五、建议与提醒
- 保留证据：在事故发生后，务必保留好现场照片、视频、证人证言等证据，以便后续处理。
- 及时报警：无论事故大小，都应立即报警，由交警部门进行现场勘查和责任认定。
- 咨询专业律师：在处理事故过程中，如有任何疑问或需要法律帮助，可直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。
综上所述，与非法营运车辆发生事故的责任认定是一个复杂而严谨的过程，需要依法进行并综合考虑多方面因素。在实际操作中，应严格遵循法律法规，确保判定的公正性和合理性，同时也要注意保护当事人的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。