针对干部停职后失联的情况，可按照以下步骤处理：

1. 立即启动内部调查程序
   根据《公务员法》及单位内部管理规定，停职决定作出后，单位应明确要求被停职人员限期到岗说明情况。若出现失联，首先需通过书面通知、短信、电子邮件等可留痕方式再次要求其限期返岗（通常不超过3个工作日），并同步启动对其失联原因的调查，包括但不限于联系其家属、同事或通过技术手段（如调取通讯记录、出行记录等）核实其行踪。

2. 依法依规作出处理决定

   • 若失联系因客观原因（如突发疾病、意外事故等）：单位应要求其或其家属提供相关证明材料，并根据实际情况决定是否恢复职务或延长停职期限。
     
   • 若失联系主观故意（如逃避调查、拒不配合等）：根据《公务员处分条例》第十九条，公务员拒不执行组织决定、拒不配合调查的，可给予警告、记过、记大过、降级、撤职或开除处分。单位应收集其失联的证据（如通知记录、调查笔录等），经集体讨论后作出处分决定，并报上级主管部门备案。
     
   • 若失联时间超过6个月：根据《民法典》第四十条，可依法宣告其失踪，并依据《公务员法》第八十八条，因“下落不明满二年”可予以辞退（但需注意，失踪宣告需经法院程序，单位不可直接适用辞退条款）。

3. 同步履行报告与备案义务
   单位应将干部失联情况及处理进展及时向上级主管部门、纪检监察机关报告，并根据干部管理权限，将处分决定或辞退决定报同级公务员主管部门备案。若涉及违纪违法线索，应同步移交纪检监察机关处理。

4. 后续法律风险防范

   • 工资与福利处理：停职期间工资待遇按单位规定执行，但失联期间不得擅自停发工资或福利，需待处分决定生效后依法处理。
     
   • 档案与社保衔接：若最终作出辞退决定，需及时办理档案转移、社保关系接续等手续，避免引发劳动争议。
     
   • 名誉权保护：处理过程中需避免公开传播未经证实的失联原因，防止侵犯其名誉权。

建议：单位在处理此类事件时，应严格遵循法定程序，确保每一步操作均有书面记录，避免因程序瑕疵引发行政复议或诉讼。若涉及复杂情况（如失联人员可能涉及刑事案件），建议同步咨询刑事法律专家。