建筑挂靠关系不能对抗第三人的法律依据主要在于《中华人民共和国民法典》及相关司法解释中关于表见代理和合同相对性的规定。以下从几个方面详细阐述：
表见代理制度：
- 根据《民法典》第一百七十二条：“行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。”在建筑挂靠关系中，如果挂靠人以被挂靠人的名义与第三人进行交易，且第三人有理由相信挂靠人有权代表被挂靠人，那么该交易行为对被挂靠人具有约束力，被挂靠人不能以挂靠关系为由对抗第三人。
- 举例：假设A公司挂靠B公司承接了一个工程项目，并以B公司的名义与C公司签订了材料供应合同。如果C公司有理由相信A公司有权代表B公司签订合同（如A公司出示了B公司的授权委托书或项目章等），那么B公司就不能以A公司是挂靠关系为由拒绝履行合同义务。
合同相对性原则：
- 合同相对性原则是指合同主要在特定的合同当事人之间发生法律约束力，只有合同当事人一方能基于合同向对方提出请求或提起诉讼，而不能向与其无合同关系的第三人提出合同上的请求，也不能擅自为第三人设定合同上的义务。在建筑挂靠关系中，如果挂靠人以自己的名义与第三人签订合同，那么该合同仅约束挂靠人和第三人，被挂靠人不是合同当事人，不受合同约束。但是，如果挂靠人以被挂靠人的名义签订合同，且第三人不知道挂靠关系的存在，那么根据表见代理制度，被挂靠人可能需要承担合同责任。
- 进一步解释：在建筑挂靠中，若挂靠人以被挂靠人名义行事，且第三人善意无过失地相信挂靠人有权代表被挂靠人，那么被挂靠人就不能以内部挂靠关系来对抗外部第三人。这是因为保护交易安全和维护市场秩序的需要，防止被挂靠人利用挂靠关系逃避法律责任。
司法实践中的认定：
- 在司法实践中，法院在审理涉及建筑挂靠关系的案件时，会综合考虑多种因素来判断挂靠人是否构成表见代理，如挂靠人是否持有被挂靠人的授权委托书、项目章等证明文件，第三人是否尽到了合理的审查义务等。如果法院认定挂靠人构成表见代理，那么被挂靠人就需要承担相应的合同责任。
法律建议：
- 对于被挂靠人而言，应加强对挂靠人的管理，明确挂靠人的权限范围，避免挂靠人以被挂靠人的名义擅自与第三人签订合同。同时，被挂靠人可以在与挂靠人的挂靠协议中明确约定，因挂靠人原因导致的第三人索赔等责任由挂靠人承担。
- 对于第三人而言，在与建筑企业进行交易时，应尽到合理的审查义务，核实交易对方的身份和权限，避免因对方是挂靠关系而遭受损失。如果发现对方可能是挂靠关系，可以要求对方提供被挂靠人的授权委托书等证明文件，或者要求被挂靠人出具书面确认文件。
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