结论：物业协议合同中约定独立水户，但水费交给物业是否合法，需根据具体情况判断。一般来说，如果双方有明确约定且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法是合法的；但如果约定不明或存在违法情形，则可能不合法。
分析说明：
合同约定优先：
- 在物业协议合同中，如果双方明确约定了水费由物业代收，并且这一约定是双方真实意思的表示，没有违反法律法规的强制性规定，那么这种约定是有效的。在这种情况下，业主将水费交给物业是合法的。
约定不明或违法情形：
- 如果物业协议合同中对于水费的缴纳方式约定不明，或者存在违法情形（如物业擅自提高水费标准、截留水费等），那么这种约定可能是无效的。在这种情况下，业主有权拒绝将水费交给物业，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
实际操作中的注意事项：
- 业主在签订物业协议合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于水费缴纳的部分，确保自己的权益得到保障。
- 如果业主对物业代收水费有异议，可以要求物业提供相关的收费依据和明细，以便核实水费的合理性和准确性。
- 如果业主发现物业存在违法或违规行为，如擅自提高水费标准、截留水费等，应及时向相关部门投诉或举报，以维护自己的合法权益。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，具有法律约束力。如果合同中的约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照约定履行自己的义务。
- 同时，业主作为物业的使用人，有权了解物业费用的具体情况，并有权对物业的收费行为进行监督。
建议与行动：
- 如果您对物业协议合同中关于水费缴纳的约定有疑问或不满，建议您先与物业进行沟通协商，尝试达成一致意见。
- 如果沟通无果，您可以咨询专业的法律人士或相关机构，了解自己的权益和可行的维权途径。
- 在必要时，您可以通过法律途径维护自己的合法权益，如向法院提起诉讼或向相关部门投诉举报等。
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