双方在协议书上签字并按手印，该协议书是具有法律效力的。以下从多个角度为您详细分析：

一、法律基础与合同成立

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着，签字和按手印都是表明合同当事人对合同内容认可并愿意受其约束的行为，具有同等的法律效力。在实际操作中，签字通常更为普遍，而按手印则在一些特定情况下，如当事人不会写字或无法签字时，作为一种有效的替代方式。当双方在协议书上既签字又按手印时，这进一步增强了协议的法律效力和可信度。

二、法律效力条件

要使签字并按手印的协议书具有法律效力，还需满足以下条件：

1. 行为人具有相应的民事行为能力：

   • 签订协议的各方当事人必须能够独立实施民事法律行为，即具备完全民事行为能力。这要求他们必须完全理解自己行为的意义和后果，并且自愿参与协议的签订。

2. 意思表示真实：

   • 协议内容必须是当事人真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。如果一方通过不正当手段迫使对方签订协议，该协议可能被撤销或认定无效。

3. 内容合法且不违背公序良俗：

   • 协议的条款不能违反国家法律法规的强制性规定，也不得损害社会公共利益、违背社会公德或他人的合法权益。例如，以违法犯罪为内容的协议，或明显不公平、损害弱势群体利益且违背道德伦理的协议，均不具有法律效力。

三、特殊情况与注意事项

1. 存在瑕疵或争议时的处理：

   • 如果协议存在笔误、歧义或其他可能导致误解的情况，双方应协商解决；协商不成的，可寻求法律途径解决。
   • 若一方主张协议无效或可撤销，需提供充分证据证明存在法定无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫等）。

2. 与其他证据的结合使用：

   • 签字并按手印的协议书是证明双方权利义务关系的重要证据，但并非唯一证据。法院在审理案件时，会结合其他相关证据（如履行情况、交易习惯等）进行综合判断。

3. 形式要件的遵守：

   • 虽然签字按手印是常见的确认方式，但法律可能要求某些协议必须以书面形式签订，或者必须经过公证、鉴证等特定程序才能生效。如果法律或行政法规有此类规定，或者当事人之间有此约定，则必须遵守。

四、建议与总结

为确保协议的合法有效性和避免潜在纠纷，我建议您在签订重要协议前：

• 仔细阅读合同条款，确保内容符合自身意愿且合法有效。
• 确认双方均具备完全民事行为能力，且意思表示真实。
• 如有必要，可咨询专业律师的意见，并按照法律规定办理相关手续。

签字并按手印的协议书在符合上述条件的情况下，是具有法律效力的。如果您在签订或履行协议过程中遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询。