留置调查结束后，处理流程主要遵循纪检监察机关的相关规定，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
一、移送审理
移送主体与材料：
- 审查调查部门或审查调查组在留置调查结束后，需形成审查调查报告和移送审理的请示，并按程序报批。
- 移送的材料包括审查调查报告、忏悔反思材料、违纪或者职务违法、职务犯罪事实材料、涉案财物报告等，以及全部证据和程序材料。
- 对被调查人采取留置措施的，应在留置期限届满30日前移送审理。
起诉建议书：
- 若涉嫌职务犯罪，需形成《起诉建议书》，其中应载明被调查人基本情况、调查简况、涉嫌职务犯罪事实及证据、从重从轻减轻等情节、起诉理由和法律依据，并注明移送案卷数及涉案款物等内容。
- 《起诉建议书》需作为附件，与审查调查报告一并移送。
涉案财物报告：
- 涉案财物报告中应对每一笔涉案财物与认定的违纪、违法、涉罪事实一一对应，并附表列明具体财物名称、数量、单位、特征、折合金额、现有状态（查封、扣押、冻结等）、处理意见等情况。
二、归档要求
立卷归档：
- 审查调查全过程形成的材料应按照要求立卷归档，确保案结卷成、事毕归档。
- 涉嫌职务犯罪的，应将审查调查中形成的材料按违纪违法问题卷和职务犯罪调查卷分类组卷。
证据标准：
- 审查调查部门在收集、固定被调查人涉嫌职务犯罪的供述和辩解、证人证言、物证、书证等证据材料时，应严格遵循刑事审判关于证据的要求和标准。
- 确保认定案件事实的证据依法取得，非法证据被排除，形成相互印证、完整稳定的证据链，确保犯罪事实清楚、证据确实充分。
三、留置措施的解除与后续处理
留置期限：
- 留置时间一般不得超过三个月，特殊情况下可延长一次，延长时间不得超过三个月，因此留置期限最长不得超过六个月。
- 省级以下监察机关延长留置期限的，需报上一级监察机关批准。
解除留置：
- 监察机关发现采取留置措施不当的，应当及时解除。
- 留置措施解除后，根据案件情况，可能继续进行其他调查或处理，如移送司法机关审查起诉等。
四、特殊情况处理
- 在留置调查过程中，若发现新的违纪违法事实或证据，应及时补充调查，并相应调整审查调查报告和移送审理的材料。
- 若留置期限即将届满但案件尚未查清，需根据规定及时报批延长留置期限或采取其他措施。
综上所述，留置调查结束后的处理流程包括移送审理、归档要求、留置措施的解除与后续处理以及特殊情况处理等方面。这些流程旨在确保纪检监察工作的合法性和规范性，保障被调查人的合法权益，同时提高惩治腐败的效率。