违法使用林地二年内未被发现，并不意味着违法行为人可以免于处罚，但可能面临追诉时效的限制，具体处理方式需根据违法行为的性质和情节严重程度来判断。以下是详细分析：

1. 追诉时效的考量：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。但这一规定主要适用于一般的行政违法行为。
   • 对于违法使用林地的行为，如果其性质严重到构成犯罪，那么将不受上述二年或五年追诉时效的限制。根据《中华人民共和国刑法》第八十七条，犯罪经过一定期限后可能不再追诉，但具体期限取决于法定最高刑，且存在不受追诉期限限制的情形（如立案侦查或法院受理案件后逃避侦查或审判的）。

2. 违法使用林地的具体处理：

   • 如果违法使用林地的行为在二年内被发现，林业主管部门将依法进行处罚，包括责令停止违法行为、限期恢复植被和林业生产条件、罚款等。
   • 如果二年内未被发现，但后续被发现且行为未构成犯罪，林业主管部门在决定是否给予行政处罚时，会考虑追诉时效的规定。然而，如果行为构成犯罪，如非法占用农用地罪，那么将依法追究刑事责任，不受追诉时效的普通限制。

3. 特殊情况的处理：

   • 即使违法行为在二年内未被发现，但如果存在连续或者继续状态（如持续违法占用林地），那么从行为终了之日起计算追诉时效。这意味着，如果违法占用林地的行为一直持续，那么即使超过了二年，也可能面临处罚。
   • 另外，如果违法行为人主动消除或者减轻违法行为危害后果，或者配合行政机关查处违法行为有立功表现，林业主管部门可以依法从轻或者减轻行政处罚。

行动建议：

• 如果您或他人涉及违法使用林地的行为，无论是否已被发现，都应立即停止违法行为，并尽快采取措施恢复植被和林业生产条件。
• 如果行为可能构成犯罪，建议主动向林业主管部门或公安机关投案自首，以争取从轻或减轻处罚的机会。
• 对于任何法律疑问或担忧，建议直接向我咨询，以便获得更具体和个性化的法律建议。