店长让员工私自收钱又按时上交，可能涉及的责任及处理方式如下：

1. 民事责任层面

   • 若该行为导致公司财产损失（如款项被挪用、丢失或未及时入账导致利息损失等），店长作为直接责任人需承担赔偿责任。员工若存在故意或重大过失（如明知店长意图仍配合），可能需承担连带责任；若仅为执行店长指令且无过错，一般不承担民事赔偿责任。
   • 处理建议：公司可要求店长赔偿损失，员工若被牵连可提供执行指令的证据（如聊天记录、书面通知等）自证无过错。

2. 行政责任层面

   • 若私自收钱行为违反公司财务管理制度（如未开具收据、未登记账目等），店长可能面临公司内部处分（如警告、降职、解雇等）。员工若参与违规操作，也可能受同等处分。
   • 处理建议：员工可主张“执行上级指令”作为抗辩理由，但需证明指令的明确性及自身无主观过错；公司应完善制度并加强监管，避免责任模糊。

3. 刑事责任层面（需满足特定条件）

   • 挪用资金罪：若店长将款项用于个人使用或借贷给他人，数额较大且超过3个月未还，可能构成此罪。员工若明知店长挪用仍协助，可能成为共犯。
   • 职务侵占罪：若店长通过私自收钱将公司财产非法占为己有，数额较大，可能构成此罪。员工若参与分赃或协助侵占，同样需承担刑事责任。
   • 非国家工作人员受贿罪：若店长收钱是为他人谋取利益（如违规给予折扣、优先服务等），可能涉及此罪。员工若参与受贿或行贿环节，也可能被追责。
   • 处理建议：一旦发现刑事风险，员工应立即停止行为并保留证据（如转账记录、沟通记录等），向公司高层或公安机关举报以自证清白。

4. 劳动法层面

   • 若公司以“严重违反规章制度”为由解雇店长或员工，需证明制度已公示且行为确实违规。员工若被无理解雇，可申请劳动仲裁要求赔偿。
   • 处理建议：员工可要求公司出具书面解雇通知，并核查制度依据；若解雇违法，可主张2N倍经济补偿金（N为工作年限）。

总结建议：

• 对员工而言，关键在于证明自身无主观过错（如保留执行指令的证据、拒绝参与违规操作的记录等），避免被牵连。
• 对公司而言，应完善财务制度、加强监管，并明确违规行为的处罚标准，减少责任争议。
• 若涉及刑事风险，建议立即咨询律师并配合调查，以降低法律风险。

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