员工私自收款3500元属于违反公司财务制度甚至可能涉嫌职务侵占的违法行为，公司可根据情节轻重采取内部处理或法律追责措施，具体处理方式需结合实际情况判断。以下分情况说明：

一、若员工行为属于违反公司财务制度（如未按规定流程收款、未及时上交等），但无非法占有目的

1. 内部处理依据
   根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同。若公司《员工手册》或财务制度明确规定“私自收款”属于严重违纪行为，公司可依据制度对其警告、记过、降薪或解除劳动合同。

2. 处理建议

   • 要求员工立即退还3500元，并书面说明情况（如收款原因、未及时上交的理由等）。
     
   • 根据公司制度进行处罚：若制度明确处罚标准（如扣发奖金、降职等），按制度执行；若未明确，可结合情节轻重（如是否初犯、是否主动承认等）给予警告或记过处分。
     
   • 完善制度漏洞：若因制度不完善导致员工有机可乘，需及时修订财务流程（如要求双人收款、定期核对账目等），避免类似问题再次发生。

二、若员工行为涉嫌职务侵占（即以非法占有为目的，利用职务便利将公司财物据为己有）

1. 法律定性
   根据《刑法》第二百七十一条，职务侵占罪的立案标准为“数额较大”（通常为6万元以上，但部分地区可能更低）。若3500元未达刑事标准，仍可能违反《治安管理处罚法》第四十九条（盗窃、诈骗、哄抢、抢夺、敲诈勒索或故意损毁公私财物），可处5-15日拘留并罚款。

2. 处理建议

   • 收集证据：包括收款记录（如转账凭证、收据）、员工承认私自收款的书面或录音证据、公司财务制度等，证明其主观故意和客观行为。
     
   • 内部处理：若情节较轻（如初犯、主动退还），可按违反制度处理（如解除劳动合同）；若情节恶劣（如拒不退还、多次作案），可向公安机关报案，追究其行政责任。
     
   • 民事追偿：无论是否追究刑事或行政责任，公司均可要求员工返还3500元，并赔偿因其行为导致的损失（如利息、调查费用等）。

三、特殊情形：员工称收款系“代收”或“临时保管”

若员工主张收款是受公司或同事委托（如客户要求现金支付、同事临时让其代收），需核实：

1. 是否有书面或口头授权：如委托书、聊天记录等；
   
2. 是否及时上交：若员工未上交但能证明因客观原因（如公司财务下班、系统故障等）延迟，可能不构成违法，但需补交并解释；
   
3. 是否从中获利：若员工私自截留部分款项或收取“好处费”，则可能涉嫌职务侵占或受贿。

总结：公司应首先要求员工退还3500元，并根据其行为性质（是否故意、是否初犯、是否造成损失等）选择内部处理或法律追责。若涉及刑事风险，建议及时咨询律师，确保处理程序合法合规。如有进一步疑问，可直接向我提问。