结论：公司因出险扣除司机一千元是否合理，需结合劳动合同约定、公司规章制度合法性、事故责任划分及是否超出法定赔偿范围等因素综合判断，以下分情况说明：

1. 若劳动合同或公司规章制度明确约定“出险需扣款”且程序合法
   根据《劳动合同法》第四条，公司可通过民主程序制定规章制度（如经职工代表大会讨论、公示等），若规章制度中明确规定“因司机过错导致出险需承担部分损失”，且该规定不违反法律强制性规定（如未超出实际损失范围、未设定不合理赔偿比例），则公司扣款可能具有合理性。但需注意：

   • 扣款金额不得超过司机当月工资的20%（《工资支付暂行规定》第十六条），且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准；
     
   • 公司需举证证明事故系司机故意或重大过失导致（如超速、酒驾等），若仅为一般过失或不可抗力（如突发恶劣天气），则扣款可能缺乏依据。
     

2. 若劳动合同或规章制度未约定扣款，或约定违法
   若公司未在劳动合同中明确约定扣款条款，或规章制度未经民主程序制定、未公示，则扣款行为可能违法。根据《劳动合同法》第三十八条，司机可主张公司补发工资，甚至以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同并要求经济补偿。

3. 若事故责任在第三方或不可归责于司机
   若事故由第三方造成（如其他车辆违规变道），或属于不可抗力（如自然灾害），则司机无过错，公司无权扣款。此时司机可要求公司全额支付工资，并可通过劳动监察投诉或仲裁维权。

建议行动步骤：

• 核查劳动合同、公司规章制度中是否有“出险扣款”条款，及该条款是否经民主程序制定、公示；
  
• 要求公司出具事故责任认定书，明确司机是否存在过错；
  
• 若扣款违法，可向当地劳动监察大队投诉（电话12333），或申请劳动仲裁（时效1年），主张补发工资及赔偿。
  

提示：公司通过扣款转嫁经营风险的行为需严格受限，司机有权拒绝不合理扣款。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体证据收集或维权策略。