在签有阴阳合同的情况下，农民工应向实际履行且符合法律规定的合同中的施工单位主张工资。以下是对此问题的详细分析：
一、阴阳合同的定义与性质
阴阳合同，通常指的是在一份合同中，存在两份内容不一致的合同文本，一份是双方真实意思表示的“阴合同”，另一份则是为了某种目的（如规避税收、规避监管等）而制作的“阳合同”。在劳动工伤领域，阴阳合同可能涉及工资支付、工作时间、劳动条件等关键条款的差异。
二、农民工应如何主张工资
确定实际履行的合同：
- 农民工应首先确定哪份合同是实际履行的。这通常可以通过工资支付记录、工作安排、考勤记录等证据来证明。
- 如果“阴合同”是双方真实意思表示，且实际履行，那么农民工应依据“阴合同”来主张工资。
合同内容的合法性：
- 即使“阴合同”是双方真实意思表示，但如果其内容违反了法律、行政法规的强制性规定（如低于最低工资标准、未缴纳社会保险等），则该部分内容无效。
- 在这种情况下，农民工可以依据相关法律法规，要求施工单位按照法定标准支付工资。
“阳合同”的效力：
- “阳合同”如果仅是为了规避税收、监管等目的而制作，且未实际履行，那么它对农民工的工资主张没有约束力。
- 如果“阳合同”被认定为无效合同（如因欺诈、胁迫等手段订立），那么农民工同样可以依据实际履行的合同或相关法律法规来主张工资。
三、法律建议与风险提示
收集证据：
- 农民工应尽可能收集与工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录、工作安排通知、考勤记录等。
- 这些证据将有助于证明实际履行的合同以及工资支付情况。
咨询专业律师：
- 在处理阴阳合同纠纷时，农民工应咨询专业律师，以了解自己的权益和可能的法律后果。
- 律师可以根据具体情况，为农民工提供针对性的法律建议和诉讼策略。
注意诉讼时效：
- 农民工在主张工资时，应注意诉讼时效的问题。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。
- 因此，农民工应在知道或应当知道自己的权益受到侵害之日起一年内，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
四、特殊情况下的处理
- 如果施工单位否认阴阳合同的存在，或者拒绝按照实际履行的合同支付工资，农民工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 在劳动仲裁或诉讼过程中，农民工需要提供充分的证据来证明自己的主张。如果证据不足或存在争议，可能会影响仲裁或诉讼的结果。
综上所述，农民工在签有阴阳合同的情况下，应依据实际履行且符合法律规定的合同来主张工资。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。