在施工合同纠纷中，关于“阴阳合同”以哪个合同为准的问题，我可以给出明确的答案。
结论前置：在施工合同中，若存在阴阳合同，通常应以备案的阳合同为准。
分析说明：
法律法规依据：根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规规定，备案的合同具有公示效力，能更好地维护交易安全和市场秩序。阴阳合同中私下签订的阴合同，往往存在规避法律规定、偷逃税款等违法情形，其效力可能会被认定为无效。
司法实践倾向：在司法实践中，法院一般会倾向于保护合法、公示的合同，以确保合同的真实性和合法性。因此，当阴阳合同发生纠纷时，法院通常会以备案的阳合同作为判断双方权利义务的依据。
具体规定：最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条也明确规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
特殊情况说明：
虽然一般情况下以备案的阳合同为准，但在某些特殊情况下，阴合同中的某些条款可能仍然有效。这主要取决于阴合同中的具体条款内容以及是否违反法律法规的强制性规定。若阴合同中的条款不涉及实质性内容（如工程价款、质量、期限等），且不违反法律法规的强制性规定，那么这些条款可能仍然有效。
法律建议：
合同签订：在签订施工合同时，应确保合同的合法性、真实性和有效性。避免签订阴阳合同，以免引发不必要的纠纷。
合同备案：合同签订后，应及时进行备案，以确保合同的公示效力和法律保护。
纠纷处理：若因阴阳合同引发纠纷，应先尝试通过协商、调解等方式解决。若协商、调解不成，可以向法院起诉，由法院根据具体情况依法作出裁判。
综上所述，在施工合同纠纷中，若存在阴阳合同，通常应以备案的阳合同为准。但具体情况还需根据合同条款、签订背景及实际履行等综合判定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。