在转让房产时，若存在阴阳合同，款项交付一般以实际履行的合同为准，但具体情形需结合备案情况及合同内容来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、以备案合同为准的一般原则
在房屋买卖中，合同通常需要备案。因此，一般的原则是，以经过备案的合同作为判断款项交付的依据。这是因为备案合同具有更高的法律效力，且能够作为交易双方真实意思表示的证明。然而，这一原则并非绝对，还需结合合同的实际履行情况来判断。
二、实际履行合同为准的例外情形
备案合同未履行：如果已经备案的合同并未被实际履行，而双方又按照另一份未备案的合同进行了交易，那么款项交付应以实际履行的合同为准。但需要注意的是，如果实际履行的合同中存在违法利益（如避税、骗取贷款等），则价格部分可能不被法律认可，其余部分则按照备案合同的约定来执行。对于备案合同中未约定的，而阴合同中又有相关内容的，以阴合同的约定来执行。
两份合同均未备案：如果两份合同都没有经过备案，那么款项交付应以实际履行的合同为准。在实践中，有的法院会以时间在后的合同价为主，除非有证据表明前一份合同价是为了避税或骗取贷款等原因签订的虚假价格。此处需要注意的是，关于证据和举证责任是由提出异议方来承担的，即谁认为前一份合同虚假，谁就承担这个责任。
三、阴阳合同的法律效力及风险
阴阳合同是指合同当事人就同一事项订立两份以上的内容不相同的合同，一份对内，一份对外。其中对外的一份并不是双方真实意思表示，而是以逃避国家税收等为目的；对内的一份则是双方真实意思表示，可以是书面或口头。“阴阳合同”是一种违规行为，虽然“阴合同”是当事人的真实意思表示而可能被认定为有效合同（只要内容合法），但利用“阴阳合同”实施违法行为，或者以合法的形式掩盖违法的目的，则不仅伪装的“阳合同”无效，被伪装的“阴合同”也因内容违法而无效。
此外，鉴于买卖双方签订“阴阳合同”的行为严重违反了中国税收管理规定，有关部门查实后，如果属于一般偷税行为，行政机关有权给予罚款、拘留等行政处罚；如果偷税数额较大、次数较多，则可能构成犯罪。
四、法律建议
避免签署阴阳合同：房屋买卖时，千万不要为了一点小便宜而签署阴阳合同。一方面，阴阳合同容易造成经济纠纷，影响购房的进度；另一方面，阴阳合同涉嫌违法，一旦被发现是会被罚款，甚至拘留的。
咨询专业律师：在签署房屋买卖合同时，建议咨询专业律师，确保合同内容合法、有效，并避免潜在的法律风险。
保留证据：在交易过程中，务必保留好所有相关证据，包括合同、付款凭证、沟通记录等，以备不时之需。
如有任何关于房产转让或合同纠纷的法律问题，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。