结论：员工离职后公司通过个人账户进行资金往来是否违法，需根据具体情况判断，主要涉及资金性质、公司规定及法律法规的遵守情况。以下从不同角度进行分析：
一、资金性质与来源
正常薪资与补偿发放：
- 如果公司通过个人账户向离职员工发放的是应得的薪资、奖金、经济补偿等合法收入，且该行为符合公司内部财务制度和相关法律法规的规定（如税务申报、社保缴纳等），则通常不构成违法。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，公司有义务按时足额支付员工工资及经济补偿。只要资金来源合法、用途正当，且符合税务和社保规定，通过个人账户发放并不违法。
非法资金往来：
- 如果公司通过个人账户向离职员工支付的是非法所得，如回扣、贿赂、洗钱等，或者该资金往来违反了公司的财务制度和相关法律法规（如未进行税务申报、逃避社保缴纳等），则构成违法行为。
- 法律后果：公司可能面临税务处罚、行政处罚甚至刑事责任，如逃税罪、洗钱罪等。同时，离职员工如果明知资金来源非法仍接受，也可能承担相应的法律责任。
二、公司规定与内部流程
遵守公司规定：
- 如果公司内部有明确的财务制度和流程，规定薪资发放、经济补偿等必须通过公司对公账户进行，而公司却通过个人账户进行资金往来，这违反了公司内部规定。
- 法律建议：公司应严格遵守内部财务制度和流程，确保资金往来的合法性和合规性。离职员工在接受资金时，也有权要求公司通过正规渠道进行支付。
特殊情况下的例外：
- 在某些特殊情况下，如公司对公账户被冻结、临时资金周转困难等，公司可能通过个人账户进行临时性的资金往来。但这种情况下，公司应尽快恢复对公账户的正常使用，并确保资金往来的透明度和合法性。
三、法律法规的遵守
税务与社保规定：
- 公司通过个人账户进行资金往来时，必须确保符合税务和社保的相关规定。如按时进行税务申报、缴纳社保费用等。
- 法律后果：如果公司未按规定进行税务申报或逃避社保缴纳，将面临税务处罚和行政处罚，甚至可能构成犯罪。
反洗钱与反腐败规定：
- 公司应确保资金往来的合法性和正当性，避免涉及洗钱、贿赂等违法行为。如果公司通过个人账户进行非法资金往来，将面临严重的法律后果。
四、实际操作建议
对于公司：
- 建立健全的财务制度和流程，确保资金往来的合法性和合规性。
- 加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识和合规意识。
- 在特殊情况下需要临时通过个人账户进行资金往来时，应确保符合相关法律法规的规定，并尽快恢复对公账户的正常使用。
对于离职员工：
- 在接受公司支付的资金时，有权要求公司通过正规渠道进行支付，并保留好相关凭证。
- 如果发现公司通过个人账户进行非法资金往来，应及时向相关部门举报，以维护自身合法权益和社会的公平正义。
总结：员工离职后公司通过个人账户进行资金往来是否违法，需根据资金性质、公司规定及法律法规的遵守情况来判断。公司应严格遵守相关法律法规和内部财务制度，确保资金往来的合法性和合规性；离职员工在接受资金时也应保持警惕，确保自身权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。