结论：暗标清标否决后再进行人工投标是否合法，不能一概而论，需结合具体招标流程、规定及否决原因来综合判断。以下从不同角度进行分析：
招标流程与规定：
- 在正规的招标流程中，通常会有明确的评标标准和程序。暗标清标是评标过程中的一个环节，旨在确保评标的公正性和匿名性。如果暗标清标后否决了某个投标，通常意味着该投标在初步评审阶段未达到招标文件的要求或标准。
- 招标文件通常会规定，在否决投标后，是否允许投标人进行修正或重新投标。如果招标文件明确规定了否决后不得再进行人工投标或修正，那么在此情况下进行人工投标显然是不合法的。
- 反之，如果招标文件允许在否决后进行某种形式的修正或重新投标，并且投标人按照规定的程序进行了操作，那么这种人工投标可能是合法的。
否决原因与合法性：
- 否决投标的原因多种多样，可能包括投标文件不符合招标文件要求、投标报价超出预算、投标人资质不符合规定等。如果否决原因是基于投标文件的实质性内容（如报价、技术方案等），并且这些内容在否决后无法或不应被修改，那么再进行人工投标通常是不合法的。
- 如果否决原因是基于一些可修正的错误或遗漏（如格式错误、签名缺失等），并且招标文件允许在否决后进行修正，那么投标人按照规定的程序进行修正后重新投标，可能是合法的。
法律后果与风险：
- 如果投标人在暗标清标否决后未经允许擅自进行人工投标，可能会面临被招标人拒绝、投标保证金被没收等法律后果。
- 此外，这种行为还可能损害招标活动的公正性和透明度，引发其他投标人的不满和投诉，甚至可能涉及法律纠纷和行政处罚。
建议：
- 在参与招标活动时，务必仔细阅读招标文件，了解评标标准和程序，以及否决投标后的相关规定。
- 如果暗标清标后被否决，且认为否决原因存在争议或可修正，应及时与招标人沟通，了解是否允许进行修正或重新投标，并按照规定的程序进行操作。
- 如有任何疑问或不确定之处，建议咨询专业的法律人士或招标代理机构，以确保自己的投标行为合法合规。
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