在借款条是个人出具，但款项打到公司账户的情况下，法院判决哪方还款，需根据具体案情和证据来综合判断，但一般来说，可能会涉及以下几种情况：

1. 个人承担还款责任：

   • 如果借款条明确表明是个人借款，且个人在借款时明确表示款项用于个人用途（尽管实际打到了公司账户），或者公司账户仅作为代收款项的账户，那么法院可能会判决个人承担还款责任。
   • 关键在于证明借款的实际用途和借款人的真实意图。如果个人能够提供证据证明借款确实用于个人事务，而非公司经营，那么个人承担还款责任的可能性较大。

2. 公司承担还款责任：

   • 如果借款条虽然由个人出具，但款项实际用于公司经营，且公司认可该笔借款为公司债务，或者个人在借款时是以公司名义进行，且公司事后追认了该笔借款，那么法院可能会判决公司承担还款责任。
   • 在这种情况下，需要证明借款与公司经营活动的直接关联性，以及公司对借款的认可或追认。

3. 个人和公司共同承担还款责任：

   • 在某些情况下，如果借款既涉及个人用途也涉及公司用途，或者个人和公司之间存在某种混同（如个人财产与公司财产界限模糊），法院可能会判决个人和公司共同承担还款责任。
   • 这通常需要复杂的证据来证明个人和公司之间的财务关系以及借款的实际用途。

法律背景与建议：

• 在处理此类纠纷时，法院会综合考虑借款条的内容、款项的流向、借款的实际用途、借款人和公司之间的关系以及相关证据来作出判决。
• 对于借款人而言，如果借款条是由个人出具，但款项打到了公司账户，建议保留好相关证据（如转账记录、借款用途说明、公司认可借款的书面文件等），以便在纠纷发生时证明自己的立场。
• 对于出借人而言，在出借款项时，应明确借款人和借款用途，并在借款条中详细注明。如果款项是打入公司账户，应要求公司提供相应的担保或确认文件，以降低风险。

可能面临的法律后果：

• 如果法院判决个人承担还款责任，而个人无力偿还，出借人可能会申请强制执行个人的财产。
• 如果法院判决公司承担还款责任，而公司无力偿还，出借人可能会面临更大的风险，因为公司的财产可能不足以清偿全部债务。
• 如果法院判决个人和公司共同承担还款责任，出借人可以根据判决结果向个人或公司追偿，但同样需要考虑到个人和公司的实际偿还能力。

总结与进一步思考：

在处理此类民间借贷纠纷时，关键在于明确借款人和借款用途，并保留好相关证据。如果涉及公司账户，应特别注意公司对借款的认可或追认情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。