经济补偿计算基数通常包括加班工资。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这里的“月工资”并未明确排除加班工资，因此，从法律条文的角度来看，加班工资应被纳入经济补偿的计算基数。
二、加班工资的性质与计算
加班工资的性质：加班工资是劳动者在正常工作时间之外提供劳动所获得的报酬，它属于劳动者工资总额的一部分。与基本工资、绩效工资、奖金、津贴等一样，加班工资也是劳动者劳动报酬的组成部分。
平均工资的计算：根据《劳动合同法》的规定，月工资是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。这一计算方式涵盖了劳动者在该期间内的所有收入，包括基本工资、加班工资、绩效工资、奖金、津贴等。除非有特别约定或法律规定排除某些收入项目，否则加班工资应被计入经济补偿的计算基数。
三、特殊情况的处理
虽然加班工资通常应被纳入经济补偿的计算基数，但也存在一些特殊情况需要注意：
劳动合同中的特别约定：如果劳动合同中有特别约定，明确排除了加班工资在经济补偿计算中的基数，那么应按照这些约定执行。但需要注意的是，这种约定必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
用人单位的规章制度或薪酬政策：如果用人单位的规章制度或薪酬政策中明确规定了加班工资不计入经济补偿的计算基数，且这种规定已经向劳动者公示或告知，那么也可能按照这种规定执行。但同样，这种规定也必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
地方性法规或政策：在某些地区，可能存在地方性法规或政策对经济补偿的计算基数有特别规定。如果这些规定与《劳动合同法》的规定不一致，且更有利于劳动者，那么应按照这些地方性法规或政策执行。
四、实际案例与操作建议
在实际操作中，如果劳动者与用人单位就经济补偿的计算基数产生争议，可以通过以下途径解决：
协商：双方可以首先尝试通过协商解决争议，达成一致意见。
调解：如果协商不成，可以向劳动争议调解组织申请调解。
仲裁或诉讼：如果调解不成，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
举例说明：假设某劳动者在劳动合同解除前十二个月的平均工资为5000元，其中加班工资为1000元。如果按照通常的理解，经济补偿的计算基数应为5000元（包括加班工资）。但如果劳动合同或用人单位的规章制度中明确排除了加班工资，那么经济补偿的计算基数可能仅为4000元（不包括加班工资）。不过，在大多数情况下，加班工资是应被纳入经济补偿的计算基数的。
综上所述，经济补偿计算基数通常包括加班工资，但具体还需根据劳动合同、用人单位的规章制度以及地方性法规或政策来确定。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。