结论：补充协议在双方协商一致、内容合法有效且遵循特定形式要求的前提下，可以对合同的实质性内容进行变更。不过，在涉及特殊合同类型（如招投标合同）时，需额外注意法律对实质性内容变更的严格限制。以下从法律依据、变更条件、冲突解决及特殊情形四个角度展开说明：

一、法律依据与核心条件

根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条，当事人协商一致，可以变更合同。补充协议作为原合同的补充文件，其本质是双方通过新合意调整原有权利义务关系。因此，只要满足以下条件，即可通过补充协议变更合同实质性内容：

1. 协商一致：双方需就变更内容达成明确合意，任何一方不得单方面强制变更。
2. 内容合法有效：变更内容不得违反法律、行政法规的强制性规定（如最低工资标准、环保要求等），也不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。
3. 形式要求：若原合同需通过特定形式订立（如公证、书面），补充协议对实质性内容的变更可能需遵循相同形式要求。

示例：甲乙签订买卖合同，约定货物价格为100万元。后因市场波动，双方协商一致通过补充协议将价格调整为90万元，并明确约定“本补充协议与原合同不一致的，以本补充协议为准”。此情形下，价格变更合法有效。

二、补充协议与原合同的冲突解决

为避免争议，补充协议通常会明确约定优先适用顺序。根据司法实践，若补充协议与原合同存在冲突，一般以补充协议为准，但需满足以下条件：

1. 补充协议内容合法有效；
2. 双方明确约定优先适用条款（如“本协议与原合同不一致的，以本协议为准”）；
3. 变更内容不涉及法定不可变更情形（如劳动合同中低于最低工资标准的约定）。

示例：甲乙签订租赁合同，约定租期3年。后通过补充协议将租期延长至5年，并注明“本协议与原合同不一致的，以本协议为准”。若补充协议合法有效，则租期以5年为准。

三、特殊情形的注意事项

1. 招投标合同：根据《招标投标法》及相关规定，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。因此，涉及招投标合同的实质性变更（如价格、质量、工期等）需格外谨慎，否则可能面临行政处罚或合同无效风险。
2. 格式合同：若原合同为格式合同（如保险合同、电信服务合同），补充协议对实质性内容的变更需确保不违反公平原则，否则可能被认定为无效条款。
3. 法定不可变更条款：某些合同类型（如劳动合同、借款合同）存在法定不可变更条款（如劳动报酬不得低于最低工资标准、借款利率不得超过法定上限），即使通过补充协议变更，也可能被认定为无效。

四、签订补充协议的实务建议

1. 明确变更内容：在补充协议中详细列明需变更的合同条款及具体内容，避免模糊表述。
2. 约定优先顺序：明确补充协议与原合同的冲突解决规则（如“以补充协议为准”）。
3. 保留证据：妥善保管补充协议及原合同的原件或复印件，以备争议时作为证据。
4. 法律审查：在签订前，建议由专业律师对补充协议内容进行合法性审查，确保符合法律要求。

总结：补充协议可以变更合同实质性内容，但需严格遵守协商一致、合法有效及形式要求等条件。在涉及特殊合同类型或法定不可变更条款时，需额外注意法律限制。如有具体问题或需进一步审查补充协议内容，可直接向我咨询。