补充协议在特定条件下可以改变原合同的本质。这里所说的“改变原合同的本质”，通常指的是补充协议对原合同中的关键条款，如标的、价款、履行方式等进行了实质性修改。以下是详细分析：

1. 可以改变的情况：

   • 双方协商一致：根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条，当事人协商一致，可以变更合同。这意味着，只要双方达成合意，补充协议就可以对原合同进行实质性修改，包括改变其本质。
   • 不违反法律法规：补充协议的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，否则该协议可能无效。在不违反法律的前提下，双方可以通过补充协议自由约定合同内容。
   • 真实意思表示：补充协议必须是双方真实的意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。这是确保协议有效性的关键。

2. 不能改变的情况：

   • 原合同禁止修改：如果原合同中明确约定了某些条款不得修改，那么这些条款通常不能通过补充协议进行更改。
   • 法定不可变更情形：特定合同类型或情况下，法律规定了一些不可变更的条款。例如，劳动合同中的劳动报酬不得低于当地最低工资标准，这一标准不能通过补充协议降低。

3. 补充协议的效力：

   • 成为合同一部分：补充协议一旦成立并生效，即成为原合同不可分割的一部分，与原合同具有同等的法律效力。
   • 冲突解决：若补充协议与原合同存在冲突或不一致之处，通常以补充协议为准，除非双方在补充协议中另有特别约定。

4. 实例分析：

   • 假设原合同约定了商品的交付数量为100件，后双方签订补充协议将交付数量改为120件。这种情况下，补充协议实质性地改变了原合同的关键内容（交付数量），且如果双方协商一致、内容合法、意思表示真实，那么该补充协议有效，原合同的相应条款依补充协议改变。

综上所述，补充协议在双方协商一致、内容合法且不违反法律法规强制性规定的前提下，可以对原合同进行合法有效的修改，包括改变其本质。但需要注意的是，如果原合同或法律有特别规定，某些条款可能不得通过补充协议进行修改。