公司股东约定部分股东承办公司，这种约定本身并不直接违法，但具体是否合法需根据约定内容、公司章程以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、从公司自治与股东约定角度
公司作为独立的法人实体，其内部事务原则上由公司章程和股东会决议来规范。股东之间可以通过协商，就公司的经营管理、利润分配等事项作出约定。因此，如果部分股东承办公司的约定是股东之间自愿、平等协商的结果，且不违反公司章程和法律法规的强制性规定，那么这种约定是合法的。
例如，股东们可以约定由某几位股东负责公司的日常经营管理，其他股东则不参与具体经营，但按照约定分享公司利润。这种约定体现了公司自治原则，有助于明确股东之间的权利义务关系，促进公司的稳定发展。
二、从公司章程与法律法规角度
公司章程的约束：公司章程是公司的“宪法”，对公司、股东、董事、监事、高级管理人员等具有约束力。如果公司章程中已经对股东承办公司的事项作出了规定，那么股东之间的约定应当与公司章程保持一致。如果约定与公司章程相冲突，且未经法定程序修改公司章程，那么这种约定可能因违反公司章程而无效。
法律法规的强制性规定：股东之间的约定不得违反法律法规的强制性规定。例如，如果约定部分股东承办公司，但该约定涉及非法经营、损害公司利益或其他股东利益等情形，那么这种约定将因违法而无效。
三、从实际操作与风险防范角度
明确约定内容：为了避免纠纷和风险，股东之间在约定部分股东承办公司时，应当明确约定承办的具体事项、期限、权利义务、利润分配等关键内容。这些约定应当尽可能详细、具体，以便在后续执行过程中有章可循。
签订书面协议：为了确保约定的有效性和可执行性，股东之间应当签订书面协议，并由所有股东签字确认。书面协议可以作为后续纠纷解决的依据，有助于维护股东之间的合法权益。
关注公司治理结构：部分股东承办公司可能会影响公司的治理结构。因此，在约定时应当充分考虑公司治理结构的平衡和稳定，避免因部分股东过度集中权力而导致公司治理失衡。
四、可能存在的法律后果
如果股东之间的约定违反了公司章程或法律法规的强制性规定，或者因约定不明确而导致纠纷和风险，那么可能面临以下法律后果：
约定无效：违反法律法规强制性规定的约定将无效，无法得到法律的保护和执行。
纠纷解决：因约定不明确或违反公司章程而引发的纠纷，可能需要通过诉讼或仲裁等方式解决。这将耗费大量的时间、精力和金钱，对公司的正常运营和股东关系造成不利影响。
法律责任：如果部分股东在承办公司过程中存在违法行为或损害公司利益的行为，那么可能需要承担相应的法律责任，包括民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。
建议：在约定部分股东承办公司时，务必谨慎对待，确保约定内容合法、合规、明确，并签订书面协议。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。