股东合作多个公司本身是合法的，但具体是否合法还需根据合作的具体形式、内容以及是否符合相关法律法规的规定来判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、合法性基础

1. 公司自治原则：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司享有独立的法人财产权，股东有权依法行使股东权利，包括参与公司决策、分享公司利润等。股东之间合作设立或参与多个公司，只要符合公司章程和法律法规的规定，就是合法的。

2. 合同自由原则：股东之间可以通过签订合作协议、股东协议等方式，明确各自在多个公司中的权利、义务和责任。只要这些协议不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体和第三人的利益，就是有效的。

二、可能存在的法律风险及防范

1. 关联交易风险：如果股东在多个公司之间进行关联交易，如转移资产、利润等，可能损害公司和其他股东的利益。根据《公司法》的规定，公司控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员不得利用其关联关系损害公司利益。违反这一规定的，应当承担赔偿责任。

   • 防范建议：股东应确保关联交易的公平性和透明性，遵守公司章程和法律法规的规定，必要时可聘请独立第三方进行审计或评估。

2. 同业竞争风险：如果股东在多个公司中从事相同或类似的业务，可能构成同业竞争，损害公司和其他股东的利益。虽然《公司法》没有直接规定同业竞争的问题，但根据诚实信用原则和股东义务，股东应避免从事与公司相竞争的业务。

   • 防范建议：股东在合作设立或参与多个公司时，应明确各自的经营范围和业务领域，避免同业竞争。如果确实存在同业竞争的情况，应通过签订协议等方式进行妥善处理。

3. 股权结构复杂风险：股东合作多个公司可能导致股权结构复杂，增加管理成本和决策难度。如果股权结构不合理或存在纠纷，可能影响公司的稳定运营和股东的利益。

   • 防范建议：股东在合作设立或参与多个公司时，应合理规划股权结构，确保股权清晰、稳定。同时，应建立健全的公司治理机制，明确股东会、董事会、监事会的职责和权限，保障公司的决策效率和运营稳定性。

三、实际操作建议

1. 签订详细的合作协议：股东之间应签订详细的合作协议或股东协议，明确各自在多个公司中的权利、义务和责任，以及合作的具体形式、内容、期限等。

2. 遵守法律法规和公司章程：股东在合作过程中应严格遵守相关法律法规和公司章程的规定，不得从事违法违规的行为。

3. 加强沟通和协调：股东之间应加强沟通和协调，及时解决合作过程中出现的问题和纠纷，确保合作的顺利进行。

如果你在股东合作多个公司方面遇到具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。