当起诉个体工商营业执照上登记的经营者与实际经营者不一致时，应以登记的经营者和实际经营者为共同被告。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据

根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五十九条的规定：“在诉讼中，个体工商户以营业执照上登记的经营者为当事人。有字号的，以营业执照上登记的字号为当事人，但应同时注明该字号经营者的基本信息。营业执照上登记的经营者与实际经营者不一致的，以登记的经营者和实际经营者为共同诉讼人。”这一规定明确了在营业执照上登记的经营者与实际经营者不一致时，应将两者列为共同被告，以确保全面查明案件事实，保障各方合法权益。

二、法律意义

1. 保障当事人合法权益：通过明确共同诉讼人的地位，可以确保登记经营者和实际经营者在诉讼中的权益得到充分保障，避免因责任不清而导致的纠纷和损失。
2. 维护市场秩序：要求登记经营者和实际经营者共同承担责任，有助于规范市场主体的经营行为，防止因经营者信息不一致而引发的市场混乱和风险。
3. 提高司法效率：将登记经营者和实际经营者列为共同诉讼人，可以简化诉讼程序，避免多次诉讼和重复审理，提高司法效率。

三、实践应用与特殊情形

在实际操作中，当发现营业执照上登记的经营者与实际经营者不一致时，法院通常会依据上述法律规定，将登记经营者和实际经营者列为共同被告。然而，也存在一些特殊情形需要具体分析：

1. 家庭经营或内部合作：若营业执照登记某家庭成员，但实际由其他成员共同经营，可列全部实际经营者为共同被告。例如夫妻店中丈夫登记但妻子参与经营，可将二人列为共同被告。
2. 借用资质或名义经营：若A借用B的营业执照开展经营活动，债权人主张权利时，可直接起诉实际经营者A；若因经营活动造成他人损害，受害人可要求A承担赔偿责任，B在特定情况下（如明知被借用而未反对）可能需承担连带责任。
3. 转让未变更登记：若原经营者C将店铺转让给D但未办理登记变更，且D以店铺名义对外经营，可直接起诉D；若C仍被列为登记经营者且存在过错（如未督促变更登记），可能需承担补充责任。
4. 冒用身份注册：若E未经F同意使用其身份信息注册个体工商户，F可起诉市场监管部门撤销虚假登记；第三人因经营活动受损，可起诉实际经营者E，F在能证明被冒用的情况下无需承担责任。

四、实务建议

1. 优先选择实际经营者作为被告：因其直接控制经营活动，判决可执行性更强。但考虑到法律规定的共同诉讼人要求，仍建议将登记经营者也列为被告。
2. 及时收集证据：在提起诉讼前，应充分收集相关合同、协议、转账记录等证据材料，以证明实际经营活动的真实情况及两者之间的不一致。这些证据将有助于法院在审理过程中准确判断双方责任。
3. 申请财产保全：为防止实际经营者转移财产导致执行困难，可在提起诉讼时或诉讼过程中及时申请财产保全。

举例说明：

假设张三是某个体工商户的登记经营者，而李四为实际经营者。因商品质量问题与消费者王五产生纠纷。王五在提起民事诉讼时，应将张三和李四列为共同被告，并收集相关证据（如购买凭证、商品质量检测报告等）来证明商品质量问题及实际经营者与登记经营者的不一致。法院在审理过程中，将综合考虑双方关系、证据情况及法律规定，来判断双方应承担的责任。

综上所述，面对个体工商营业执照上登记的经营者与实际经营者不一致的情况，在起诉时应将两者列为共同被告，并充分收集证据以支持自己的主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。