结论：甲方公司一般不能随意将服务费扣到员工身上，但具体是否合法需根据实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同和公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了公司可以从员工工资中扣除服务费，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照约定扣除服务费可能是合法的。但这种约定必须是在双方平等自愿、协商一致的基础上达成的，且公司需要向员工明确说明扣除服务费的具体原因、标准和方式。
- 举例：若劳动合同中写明“因员工使用公司提供的特定服务（如专业培训、特殊设备使用等），公司有权从员工工资中扣除相应的服务费，扣除标准为每月XX元”，且员工在签订合同时已知悉并同意该条款，那么公司按照约定扣除服务费是合法的。
公司规章制度：
- 如果公司规章制度中规定了扣除服务费的相关内容，但该规章制度未经民主程序制定（如未经过职工代表大会或全体职工讨论通过），或者未向员工公示、告知，那么该规章制度对员工不具有约束力，公司不能依据该规章制度扣除员工的服务费。
- 举例：公司内部制定了一份《服务费扣除管理办法》，但未经过职工代表大会讨论通过，也未向员工进行公示和告知。后来公司依据该办法扣除员工的服务费，这种行为就是不合法的。
二、从法律法规的角度
《工资支付暂行规定》：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 分析：该规定主要针对的是因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的情况，公司不能随意扩大适用范围，将服务费扣除与劳动者造成经济损失相混淆。如果公司扣除服务费并非基于劳动者造成经济损失的原因，那么这种扣除行为可能违反该规定。
其他相关法律法规：
- 除了《工资支付暂行规定》外，各地可能还有关于工资支付、劳动报酬等方面的地方性法规或规章。公司扣除服务费的行为也需要符合这些地方性法规或规章的规定。
- 举例：某些地区可能规定，用人单位不得以任何形式克扣或无故拖欠劳动者的工资，除非符合法律法规规定的特定情形（如劳动者造成经济损失等）。如果公司扣除服务费的行为不符合这些特定情形，那么就是违法的。
三、从实际操作和合理性的角度
扣除服务费的合理性：
- 即使劳动合同或公司规章制度中规定了扣除服务费的内容，公司也需要考虑扣除服务费的合理性。如果扣除的服务费过高，导致员工的实际收入过低，甚至低于当地最低工资标准，那么这种扣除行为可能被视为不合理，从而引发劳动争议。
- 举例：员工的月工资为3000元，公司每月扣除的服务费为2000元，导致员工实际收入仅为1000元，远低于当地最低工资标准。这种情况下，公司扣除服务费的行为很可能被认定为不合理。
员工的异议和维权：
- 如果员工对公司扣除服务费的行为有异议，可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式进行维权。在维权过程中，员工需要提供相关证据（如劳动合同、工资条、公司规章制度等）来证明公司的扣除行为违法或不合理。
建议：
- 对于公司而言，在扣除员工服务费前，应确保劳动合同或公司规章制度中有明确约定，且该约定符合法律法规的规定。同时，公司应向员工明确说明扣除服务费的具体原因、标准和方式，并保留相关证据以备查。
- 对于员工而言，如果对公司扣除服务费的行为有异议，应及时与公司沟通协商，并保留好相关证据。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
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