控股公司为其合作公司担保，在符合法律规定和公司章程的情况下是合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律层面
《公司法》的相关规定：
- 根据《公司法》第十六条，公司向其他企业投资或者为他人提供担保，依照公司章程的规定，由董事会或者股东会、股东大会决议；公司章程对投资或者担保的总额及单项投资或者担保的数额有限额规定的，不得超过规定的限额。
- 这意味着，控股公司为其合作公司提供担保，首先需要遵循公司章程的规定，如果公司章程允许此类担保，并且经过了董事会或股东会、股东大会的决议，那么这种担保行为就是合法的。
担保的合法性要件：
- 担保行为必须出于双方的真实意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
- 担保的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定。
- 如果控股公司作为担保人，需要具备相应的担保能力，即其资产状况、信用状况等能够满足担保的要求。
二、公司章程层面
- 公司章程是公司的“宪法”，它规定了公司的组织结构、运营方式、股东权利等重要事项。如果公司章程中明确规定了控股公司可以为其合作公司提供担保，并且规定了相应的决策程序和限额，那么控股公司按照章程规定进行担保就是合法的。
- 如果公司章程中没有相关规定，或者规定不明确，那么控股公司在进行担保时就需要更加谨慎，确保符合《公司法》的相关规定，并且经过适当的决策程序。
三、实际操作层面
决策程序：
- 控股公司在进行担保前，需要召开董事会或股东会、股东大会，对担保事项进行审议和表决。
- 决策过程中需要确保所有股东或董事的知情权、参与权和表决权得到充分保障。
风险评估：
- 控股公司需要对合作公司的信用状况、还款能力等进行全面评估，确保担保风险可控。
- 可以要求合作公司提供反担保措施，如提供抵押物、质押物或保证人等，以降低担保风险。
合同签订：
- 担保合同应当明确约定担保的范围、期限、方式等条款，确保合同内容合法、有效。
- 合同签订前需要仔细审查合作公司的主体资格、信用状况等，确保合同相对方具备履约能力。
四、可能的风险与后果
- 如果控股公司未经适当决策程序或违反公司章程规定为其合作公司提供担保，可能面临股东诉讼、行政处罚等风险。
- 如果合作公司无法按时还款，控股公司作为担保人可能需要承担还款责任，导致公司资产受损。
- 因此，控股公司在进行担保时需要谨慎评估风险，确保担保行为合法、合规且风险可控。
建议：控股公司为其合作公司提供担保前，应详细审查公司章程、评估合作公司信用状况、履行适当的决策程序，并签订合法有效的担保合同。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。