民事合同中因超容积率产生纠纷的赔偿问题，需根据合同约定、实际损失及过错程度综合判定，具体赔偿方式如下：

1. 合同有明确约定时
   若合同中已约定超容积率的违约责任（如违约金比例、赔偿计算方式等），则优先按合同条款执行。例如：

   • 合同约定“超容积率部分按市场价200%赔偿”，则需按约定比例计算；
     
   • 若约定“每超1%支付违约金X元”，则按实际超标比例乘以约定金额赔偿。
     注意：若约定违约金过高或过低，法院可能根据实际损失调整（依据《民法典》第585条）。

2. 合同无约定或约定不明时
   需根据实际损失赔偿，包括：

   • 直接损失：如因超容积率导致的规划调整费用、行政处罚罚款、拆除重建费用等；
     
   • 间接损失：如因超容积率导致项目延期交付的租金损失、商业机会损失等（需证明损失与超容积率的因果关系）；
     
   • 过错分担：若双方均有过错（如开发商隐瞒容积率、政府规划变更等），则按过错比例分担损失（依据《民法典》第592条）。

3. 特殊情形下的赔偿

   • 行政处罚与民事赔偿的关系：若超容积率被行政机关处罚（如罚款、没收违法所得），该处罚不影响民事赔偿的独立性，受害方仍可要求违约方赔偿实际损失；
     
   • 第三方损失：若超容积率导致相邻权人受损（如采光、通风受影响），相邻权人可单独起诉要求赔偿，此时赔偿范围包括修复费用、贬值损失等。

建议行动：

1. 立即固定证据（如合同、规划文件、行政处罚决定书、损失计算依据等）；
   
2. 委托专业机构评估实际损失（如造价咨询公司、评估公司）；
   
3. 根据合同条款或实际损失，向违约方发送律师函主张权利；
   
4. 若协商无果，尽快起诉并申请财产保全，防止对方转移资产。
   

如有进一步细节（如合同条款、超容积率比例、损失类型等），可随时补充说明，我会为您细化分析。