超容积率罚款确实是按超出部分来计算的。具体分析如下：

一. 超容积率罚款的计算依据

• 超容积率罚款是根据实际计入容积率面积超过规划许可计入容积率面积的部分来计算的。这意味着，只有当建筑的实际面积超出了规划许可的面积时，才会产生罚款。

二. 罚款的具体计算方式

• 超出规划许可计入容积率面积的部分，将按照市场价罚没全部收入。也就是说，罚款的金额是基于超出部分的市场价值来确定的。
• 除了罚没违法收入外，还可能需要补交超出部分的土地出让金，以及处以单体建设工程造价一定比例（如5%或10%）的罚款。

三. 相关法规支持

• 这一罚款计算方式通常会在地方性的城乡规划法规或相关通知中明确规定。例如，武汉市就通过《关于进一步规范建设项目超建面积认定及处理工作的通知》来细化这一规定。

四. 实际案例

• 以武汉市为例，如果某建设单位审批建设项目规模为15万平方米，但实际建设了15.08万平方米，超出审批规模800平方米。按照新规定，其中300平方米属于误差范围，需补缴土地出让金和城市基础设施配套费；剩下的500平方米则应按市场实际销售价格（假设为20000元/平方米）来追缴违法收入，即需追缴1000万元。

我建议，在面对超容积率罚款的问题时，建设单位或个人应首先了解当地的城乡规划法规和相关政策，明确罚款的计算依据和具体方式。如有进一步需要，您可以继续咨询我。