结论前置：休公休假期间扣绩效工资一般是不合法的，但具体是否扣除需依据公司规定及实际情况合理判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定明确公休假权益
《职工带薪年休假条例》第二条明确规定，连续工作1年以上的职工享受带薪年休假，单位应当保证职工享受年休假，并在年休假期间给予与正常工作期间相同的工资收入。这直接表明，公休假期间职工的工资待遇不应受到任何削减，包括绩效工资。
《企业职工带薪年休假实施办法（2008年版）》第十一条进一步细化了未休年休假工资报酬的计算方法，并强调职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。对于实行计件工资、提成工资或者其他绩效工资制的职工，日工资收入的计发办法也按照相关规定执行，这同样强调了年休假期间工资收入的完整性，包括绩效工资。
二、绩效工资的发放原则
绩效工资作为职工工资的一部分，其发放应遵循公平、合理的原则，并与职工的工作表现和业绩紧密相关。在公休假期间，尽管职工没有实际提供劳动，但这是法律赋予的休息权利，不能因此而否定其在正常工作期间的表现和业绩。因此，在一般情况下，绩效工资在公休假期间仍应按时足额发放。
三、特殊情况的合法性判断
特殊绩效工资核算方式：若单位的绩效工资核算方式严格依据实际工作成果或工作量，且在规章制度中有明确规定并事先告知职工，同时这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么在极少数情况下，公休假期间可能不发放与实际工作成果直接相关的那部分绩效工资。但这种情况需要单位有明确的制度依据，并确保制度的合法性和合理性，且不能因此完全扣除职工的绩效工资。
劳动合同约定：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，如果劳动合同中明确约定了绩效工资的具体标准和发放条件，且公休期间不属于绩效工资发放的范围（但这种约定需合理且不违反法律法规），那么用人单位在公休期间扣除绩效工资可能是合法的。但前提是劳动合同中的约定必须明确、具体，且不得违反相关法律法规的强制性规定。然而，在大多数情况下，这样的约定可能会被视为不合理，因为公休假是职工的合法权益，不应因此影响其绩效工资的发放。
四、违法后果与劳动者权益保护
如果用人单位无故克扣职工年休假期间的绩效工资，将违反《中华人民共和国劳动法》和《职工带薪年休假条例》的相关规定。劳动行政部门有权责令用人单位支付被克扣的工资报酬、经济补偿以及赔偿金，以维护职工的合法权益。因此，劳动者在遇到此类情况时，应积极采取措施维护自己的权益。
五、建议与预防措施
了解公司规定：建议职工在入职时或平时工作中，详细了解公司的绩效考核制度，特别是关于公休与绩效工资关系的部分。如有疑问，应及时向人事部门咨询。
保留证据：在休假前，职工应与公司确认相关待遇，并保留好工资条、考勤记录等相关证据，以备不时之需。
积极维权：如果劳动者认为用人单位在公休期间扣减绩效工资的行为侵犯了自己的合法权益，首先可以尝试与用人单位协商解决。协商不成时，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。
总结来说，休公休假期间扣绩效工资一般是不合法的。用人单位应当严格遵守相关法律法规，确保职工在公休假期间享受与正常工作期间相同的工资待遇，包括绩效工资。同时，用人单位在制定内部规章制度或劳动合同时，也应充分考虑职工的合法权益，确保制度的合法性和合理性。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。