结论：事业编员工辞职单位不批准，一般情况下不会直接影响工龄认定，但可能会因离职手续未完成而在后续工龄计算或社保转移等方面产生间接影响。以下从多个角度进行分析：
一、工龄认定的基本原则
工龄认定通常依据员工实际的工作年限和社保缴纳记录来确定。在事业单位工作期间，员工的工龄是连续计算的，不受辞职申请是否获批的影响。只要员工在事业单位实际工作过，且社保缴纳记录连续，其工龄就应当得到认可。
二、单位不批准辞职的直接影响
- 离职手续未完成：单位不批准辞职，可能导致员工无法及时办理离职手续，包括离职证明、社保转移等。这些手续的缺失，可能会在员工后续就业或社保转移时产生一定的困扰。
- 法律途径解决：如果单位无正当理由拒绝批准辞职，员工可以通过法律途径维护自己的权益。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工有权提前通知单位解除劳动合同。如果单位违反规定未出具解除或终止劳动合同的书面证明，员工可以向劳动行政部门投诉，要求单位改正，并可能因此获得赔偿。
三、单位不批准辞职对工龄认定的间接影响
- 社保缴纳记录：虽然工龄认定主要依据实际工作年限和社保缴纳记录，但如果因单位不批准辞职而导致社保缴纳中断或记录不完整，可能会在后续工龄计算或社保待遇享受时产生问题。因此，员工应确保在离职前与单位协商好社保缴纳事宜，避免出现断缴或漏缴的情况。
- 后续就业影响：如果员工在离职后很快找到新的工作单位，且新单位要求提供原单位的离职证明和工龄认定材料，那么单位不批准辞职可能会成为员工顺利入职的障碍。此时，员工可以通过法律途径要求原单位出具相关证明材料，或者向新单位说明情况并提供其他证明材料来证明自己的工龄。
四、建议与措施
- 与单位协商：首先，员工应尝试与单位进行友好协商，了解单位不批准辞职的具体原因，并寻求解决方案。如果单位存在违法行为或不合理要求，员工可以明确表达自己的立场和诉求。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，要求单位依法履行义务并出具离职证明等材料。劳动监察部门将依法进行调查处理，并可能对单位进行处罚。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：在投诉后仍无法解决问题的情况下，员工可以向当地劳动仲裁委员会提起劳动仲裁或向人民法院提起诉讼。通过法律途径维护自己的合法权益，并要求单位承担因此造成的损失。
最后，事业编员工在辞职过程中遇到单位不批准的情况时，应保持冷静并依法维护自己的权益。工龄认定通常不受辞职申请是否获批的直接影响，但可能会因离职手续未完成而在后续产生间接影响。因此，员工应确保在离职前与单位协商好相关事宜，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。