在行政合同中，涉及知识产权的管辖法院一般不能自行约定，但存在例外情形。具体分析如下：

1. 行政合同纠纷的管辖原则
   行政合同属于行政法律关系范畴，其纠纷解决通常适用《行政诉讼法》及相关司法解释。根据《行政诉讼法》第18条，行政案件由最初作出行政行为的行政机关所在地人民法院管辖；经复议的案件，也可由复议机关所在地法院管辖。这一规定体现了行政诉讼的法定管辖原则，即管辖法院由法律直接规定，当事人无权通过协议变更。

2. 知识产权行政合同的特殊性
   若行政合同涉及知识产权（如专利许可、商标使用许可等），需区分合同性质：

   • 行政许可类合同：若合同本质是行政机关对知识产权的行政许可（如专利实施许可备案），则属于行政诉讼受案范围，管辖法院仍需遵循法定原则，不可约定。
     
   • 民事合同夹杂行政因素：若合同虽涉及知识产权，但核心是平等主体间的民事权利义务（如政府与企业合作研发协议），可能被认定为民事合同，此时可依据《民事诉讼法》第34条约定管辖法院（如协议选择被告住所地、合同履行地等法院）。但需注意，若合同中包含行政机关的单方行政行为（如强制许可决定），则仍可能被认定为行政合同，排除约定管辖。

3. 例外情形：协议管辖的适用条件
   即使合同部分内容涉及民事法律关系，约定管辖也需满足严格条件：

   • 合同性质需明确为民事：需通过合同条款、履行方式等证明双方地位平等，无行政优益权（如行政机关无单方变更、解除权）。
     
   • 约定不违反级别管辖和专属管辖：例如，知识产权纠纷若属于中级人民法院专属管辖（如专利纠纷），则不得约定基层法院管辖。
     
   • 书面明确约定：需在合同中以清晰条款约定管辖法院，且不得规避法定管辖目的（如为拖延诉讼故意约定异地法院）。

建议：

• 若合同性质存疑，可要求行政机关在合同中明确其法律地位（如是否行使行政职权），或通过合同条款设计（如设置仲裁条款）规避管辖争议。
  
• 涉及重大知识产权时，建议同步咨询知识产权律师与行政法律师，综合评估合同性质及管辖风险。
  

如有进一步疑问，可直接向我提供合同具体条款或背景，我将结合实务经验为您详细分析。