结论：公司提出协议离职时，员工是否有赔偿取决于协议的具体内容以及离职的原因。一般来说，如果协议离职是双方协商一致的结果，且协议中明确约定了赔偿条款，那么员工有权获得相应的赔偿。但如果离职是由于员工个人原因或公司合法解除劳动合同的情况，则可能不涉及赔偿或赔偿金额会不同。
分析说明：
协商一致离职：
- 当公司与员工协商一致离职时，双方可以就离职后的相关事宜，包括赔偿问题，进行约定。
- 如果协议中明确规定了赔偿条款，如经济补偿金、未休年假的补偿等，那么公司应当按照协议约定支付赔偿。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同，并应当按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付经济补偿。
员工个人原因离职：
- 如果离职是由于员工个人原因，如个人发展、家庭原因等，且公司没有过错，那么公司通常不需要支付赔偿。
- 但如果员工在离职前已经为公司服务了一定年限，且符合享受年终奖、未休年假补偿等福利的条件，公司应当按照相关规定支付这些福利。
公司合法解除劳动合同：
- 如果公司因员工严重违反公司规章制度、严重失职、营私舞弊等行为而合法解除劳动合同，那么公司通常不需要支付赔偿。
- 但如果公司解除劳动合同的行为被认定为违法，如没有提前通知、没有支付经济补偿等，那么员工有权要求公司支付赔偿金。
特殊场景：
- 在某些情况下，即使公司提出协议离职，也可能因为涉及违法解除劳动合同、未支付加班费、未缴纳社会保险等违法行为，而需要向员工支付额外的赔偿。
- 另外，如果协议离职的条款存在显失公平、欺诈、胁迫等情形，员工也有权请求法院或仲裁机构撤销或变更协议，并要求公司支付相应的赔偿。
行动建议：
- 审查协议：在签署协议离职前，员工应仔细审查协议内容，确保自己的权益得到充分保障。特别是关于赔偿的条款，要明确赔偿的金额、支付方式、支付时间等。
- 咨询律师：如果员工对协议内容有疑问或不确定自己的权益是否得到保障，可以咨询专业律师（如我）的意见。
- 保留证据：在离职过程中，员工应保留好与公司的沟通记录、协议文本等相关证据，以备不时之需。
后续思考依据：
- 员工在签署协议离职前，应充分了解自己的权益和公司的义务，避免因为信息不对称或误解而损害自己的利益。
- 如果公司提出的协议离职条款存在不合理或违法之处，员工有权拒绝签署并寻求法律途径维护自己的权益。