关于公司搬迁补贴只补两年是否合法的问题，不能一概而论，需要分情况讨论：
若搬迁补贴属于法定补偿范畴：
- 根据《劳动合同法》及相关法律法规，公司搬迁若导致劳动合同无法继续履行（如工作地点变更超出合理范围），员工有权选择解除劳动合同并获得经济补偿。但这里的经济补偿通常指的是基于工作年限、工资水平等因素计算的离职补偿金，而非特指“搬迁补贴”。
- 如果公司自愿提供搬迁补贴作为额外福利，且该补贴在劳动合同、集体合同或公司规章制度中有明确约定，那么补贴的发放期限、条件等应遵循这些约定。若约定只补两年，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司只补两年是合法的。
若搬迁补贴属于公司自主福利且未明确约定：
- 如果搬迁补贴是公司为了鼓励员工跟随搬迁而自主提供的福利，且没有在劳动合同、集体合同或公司规章制度中明确约定补贴期限，那么公司单方面决定只补两年可能缺乏合法依据。
- 在这种情况下，员工可以与公司协商，要求公司按照更合理的标准或期限发放搬迁补贴。如果协商不成，员工可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
特殊情况下的考虑：
- 如果公司搬迁是由于政府行为（如城市规划、环保要求等）导致的，且政府提供了相应的搬迁补偿或优惠政策，公司可能会根据这些政策来制定自己的搬迁补贴方案。在这种情况下，补贴的合法性和合理性需要结合政府政策来综合判断。
- 另外，如果公司搬迁对员工的生活造成了重大影响（如需要长途通勤、搬家费用高昂等），员工可以与公司沟通，寻求更合理的解决方案，包括但不限于增加搬迁补贴、提供交通补贴或住宿安排等。
法律建议：
- 对于员工而言，首先应查看自己的劳动合同、集体合同或公司规章制度中是否有关于搬迁补贴的约定。如果有约定，且公司只补两年符合约定条件，那么员工应接受这一安排。
- 如果没有约定或约定不明确，员工可以与公司协商，要求公司按照更合理的标准发放搬迁补贴。如果协商不成，员工可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
- 对于公司而言，在制定搬迁补贴方案时，应充分考虑员工的实际情况和合理需求，确保方案的合法性和合理性。同时，公司应与员工进行充分沟通，解释补贴方案的具体内容和依据，以减少不必要的劳动争议。
可能后果：
- 如果公司搬迁补贴方案不合法或不合理，且员工通过法律途径维权成功，公司可能需要补发搬迁补贴、支付经济补偿金或承担其他法律责任。
- 如果员工对公司的搬迁补贴方案有异议但未通过法律途径维权，而是选择继续工作或离职，那么员工可能无法获得额外的搬迁补贴或经济补偿。
总之，公司搬迁补贴只补两年是否合法取决于多种因素，包括补贴的性质、约定情况、政府政策等。如有具体疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。