毕业生就业协议书一般不建议使用扫描件签协议。下面我从几个方面来详细解释这个问题：

1. 法律效力：原件与扫描件在法律效力上存在差异。原件是直接签署的，具有最直接的法律证明力。而扫描件是原件的复制件，虽然在一定程度上也能作为证据使用，但在证明力上可能不如原件强。特别是在涉及重要权益的协议中，如毕业生就业协议书，使用原件能更好地保护双方的权益。

2. 防伪性：原件上的签名、盖章等痕迹具有独特性，难以被复制或篡改，因此具有较强的防伪性。而扫描件则相对容易被篡改或伪造，这在一定程度上增加了协议的风险。

3. 便捷性与安全性：虽然使用扫描件签协议在某些情况下可能更为便捷，比如可以远程操作，但这也带来了安全风险。扫描件在传输过程中可能被截获、篡改或丢失，导致协议内容被泄露或篡改。而原件则相对更安全，因为它们在物理上更难被非法获取或篡改。

4. 官方要求与惯例：许多机构或单位在接收毕业生就业协议书等正式文件时，通常要求提供原件。这是因为原件具有更高的法律效力和可信度。使用扫描件可能会不符合这些官方要求或惯例，导致协议无效或产生其他不必要的麻烦。

综上所述，虽然使用扫描件签协议在某些情况下可能更为便捷，但考虑到法律效力、防伪性、便捷性与安全性以及官方要求与惯例等因素，我建议毕业生就业协议书最好还是使用原件进行签署。如果你在这方面还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。