结论前置：员工未完成工作，公司直接扣押员工工资作为惩罚是不合法的。公司应当通过合法、合理的管理手段来激励和约束员工。

详细分析：

1. 罚款的法律性质与主体资格：

   • 罚款是一种行政处罚手段，根据《中华人民共和国行政处罚法》，只有行政机关才有权作出罚款决定。
   • 公司作为营利法人，不具备对员工进行罚款的行政权力。因此，公司直接对员工进行罚款是违法的。

2. 相关法律法规依据：

   • 《中华人民共和国劳动法》等劳动法律法规旨在保护劳动者的合法权益，确保劳动关系公平合理。法律明确禁止用人单位无故克扣或拖欠劳动者工资。
   • 《中华人民共和国劳动合同法》第二十五条也明确规定，对于工作未完成的情形，用人单位通常没有权利对员工进行罚款。即使劳动合同中有相关约定，也可能因违反法律强制性规定而无效。

3. 合法的管理与激励措施：

   • 公司应当通过设置合理的绩效考核体系来激励员工完成任务，将员工的工作表现与薪酬、晋升等挂钩。
   • 提供必要的培训和发展机会，帮助员工提升技能和能力。
   • 实施奖励机制，对表现优秀的员工进行表彰和奖励。
   • 如果员工确实存在工作失误或过错，公司可以依据合法且经过民主程序制定并向员工公示的内部规章制度进行相应的处理，但这些处理措施应当合法、合理。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果员工未完成工作任务给公司造成了实际经济损失，并且公司有充分的证据来证明这一点，那么公司可以要求员工承担相应的赔偿责任。但这种赔偿应当通过合法途径进行，并且赔偿金额应当合理。

综上所述，员工未完成工作，公司不能直接扣押员工工资作为惩罚。公司应当采取合法、合理的管理手段来激励和约束员工，确保劳动关系的公平与合理。如果员工确实存在过错或给公司造成了损失，公司应当通过合法途径来维护自己的权益。