农村房屋可以通过遗嘱指定由孙子继承，但需满足法定形式要件和实质要件。具体分析如下：

1. 遗嘱形式合法性
   根据《民法典》第1133-1144条，遗嘱需符合以下形式之一：

   • 自书遗嘱：由遗嘱人亲笔书写、签名并注明年月日；
     
   • 代书遗嘱：需两名无利害关系见证人，其中一人代书并签名，遗嘱人、见证人共同签名；
     
   • 录音录像遗嘱：需两名见证人在场，遗嘱人、见证人需在录音录像中记录姓名或肖像及年月日；
     
   • 公证遗嘱：由公证机构办理，效力最高。
     若遗嘱形式存在瑕疵（如见证人有利害关系、未签名等），可能导致遗嘱无效。

2. 农村房屋产权合法性

   • 宅基地使用权限制：农村房屋基于宅基地使用权建造，宅基地属集体所有，仅限本集体经济组织成员使用。若孙子非本村集体成员（如城镇户口），可能无法直接继承宅基地使用权，但可继承房屋所有权（“地随房走”原则）。
     
   • 房屋权属证明：需确保房屋有合法产权证明（如宅基地使用证、房屋所有权证），若存在权属争议（如未确权、超面积建造等），可能影响继承效力。

3. 遗嘱内容合法性

   • 不得剥夺法定继承人必要份额：若遗嘱人存在缺乏劳动能力又无生活来源的法定继承人（如配偶、子女、父母），遗嘱需为其保留必要份额，否则涉及部分无效。
     
   • 明确继承范围：遗嘱中需清晰描述房屋位置、面积、四至边界等信息，避免因表述模糊导致争议。

4. 实务建议

   • 提前办理产权确认：若房屋未确权，建议先通过合法途径（如补办手续、确权登记）明确产权，再订立遗嘱。
     
   • 结合公证增强效力：公证遗嘱可减少形式瑕疵风险，尤其涉及复杂家庭关系时，建议优先选择。
     
   • 考虑代位继承或转继承：若孙子非直接继承人，可通过遗嘱指定其继承，或通过法定继承规则（如子女先于遗嘱人死亡时，由孙子女代位继承）实现类似效果。

总结：农村房屋可通过合法遗嘱由孙子继承，但需确保遗嘱形式合法、房屋产权清晰，并注意宅基地使用权限制。若涉及复杂情况（如跨集体继承、权属争议），建议提前咨询律师设计遗嘱方案。