结论：行政处罚在前，综合执法在后，程序是否合法需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
程序合法性的基本判断标准
- 行政处罚与综合执法的先后顺序，并非判断程序合法性的唯一标准。关键在于整个执法过程是否遵循了法定程序，包括但不限于立案、调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出处罚决定、送达等环节。
- 如果行政处罚是在综合执法调查取证之后，且综合执法过程中收集的证据充分、合法，能够支持行政处罚决定的作出，那么这种先后顺序并不违反法律规定。
行政处罚与综合执法的衔接问题
- 在某些情况下，行政处罚可能是综合执法的一个环节或结果。例如，综合执法部门在调查过程中发现违法行为，依法进行行政处罚。这种情况下，行政处罚在前（实际上是综合执法过程中的一个步骤），综合执法（后续的监督、执行等）在后，程序是合法的。
- 如果行政处罚与综合执法是两个独立的行政行为，且分别由不同的行政机关作出，那么需要判断这两个行为之间是否存在法律上的关联或依赖关系。如果综合执法是行政处罚的后续监督或执行措施，且符合相关法律规定，那么这种先后顺序也是合法的。
可能存在的程序违法情形
- 如果行政处罚是在没有充分调查取证的情况下作出的，而综合执法后续又发现了新的证据或事实，导致原行政处罚决定需要撤销或变更，那么这种先后顺序可能构成程序违法。因为行政处罚应当基于充分、合法的证据作出，如果后续发现证据不足或违法，应当及时纠正。
- 如果综合执法部门在行政处罚作出后，未经法定程序擅自改变或撤销原行政处罚决定，也可能构成程序违法。因为行政处罚决定一旦作出，就具有法律效力，非经法定程序不得随意改变或撤销。
法律建议
- 对于行政机关而言，应当严格遵守法定程序，确保行政处罚与综合执法的合法性和有效性。在作出行政处罚决定前，应当充分调查取证，确保事实清楚、证据充分；在综合执法过程中，应当依法履行监督、执行等职责，确保行政处罚决定的得到正确执行。
- 对于公民、法人或其他组织而言，如果认为行政处罚或综合执法行为存在程序违法情形，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
进一步思考：在实际操作中，行政处罚与综合执法的先后顺序可能因具体案件情况而有所不同。因此，在判断程序是否合法时，需要综合考虑整个执法过程的合法性、证据的充分性、法律程序的遵循情况等因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。