合作拆迁建房后，将房屋分给公司是否合法，需根据具体情况及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合作拆迁建房的法律性质
合作拆迁建房通常涉及土地使用权、房屋所有权及合作开发协议等多个法律关系。若合作双方（如个人与公司）通过签订合作开发协议，约定共同出资、共同建设，并在房屋建成后按约定分配房屋或收益，这种合作模式在法律上是允许的，但需确保协议内容合法、合规，且不违反相关法律法规的强制性规定。
二、房屋分配给公司的合法性分析
合作开发协议约定：
- 若合作开发协议中明确约定，房屋建成后部分或全部房屋归公司所有，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，则该约定是有效的。
- 在此情况下，将房屋分给公司是合法的，双方应按照协议约定履行各自义务。
土地使用权归属：
- 拆迁建房涉及土地使用权的变更或重新分配。若合作开发所使用的土地原本属于个人或公司所有，且土地使用权在合作过程中未发生违法变更，则房屋分配给公司可能合法。
- 若土地使用权存在争议或违法变更情况，则房屋分配给公司可能面临法律风险。
房屋所有权登记：
- 房屋分配给公司后，需依法办理房屋所有权登记手续。若未办理登记，则房屋所有权未发生转移，公司可能无法实际取得房屋所有权。
- 办理房屋所有权登记时，需提供合作开发协议、土地使用权证明、规划许可证等相关材料，以证明房屋分配的合法性。
三、可能涉及的法律风险及建议
法律风险：
- 若合作开发协议存在瑕疵或违法内容，可能导致协议无效或部分无效，进而影响房屋分配的合法性。
- 若土地使用权存在争议或违法变更情况，可能导致房屋分配面临法律纠纷或行政处罚。
- 若未依法办理房屋所有权登记手续，公司可能无法实际取得房屋所有权，面临财产损失风险。
建议：
- 在合作拆迁建房前，双方应签订详细、合法的合作开发协议，明确房屋分配方式、比例及各自权利义务。
- 确保土地使用权合法、无争议，并依法办理相关变更或登记手续。
- 房屋建成后，及时依法办理房屋所有权登记手续，确保房屋分配的合法性和有效性。
- 若在合作过程中遇到法律问题或纠纷，应及时咨询专业律师，寻求法律帮助和解决方案。
总结来说，合作拆迁建房后将房屋分给公司是否合法，需根据合作开发协议的约定、土地使用权归属及房屋所有权登记情况等多个因素综合判断。为确保合法性和有效性，建议双方在合作前签订详细、合法的协议，并依法办理相关手续。如有任何疑问或需要进一步法律帮助，请直接向我咨询。