结论：在民间借贷中，若借款人名下的农村宅基地已抵押给他人，能否申请执行需分情况讨论，具体如下：

1. 抵押权有效设立且无瑕疵时
   若抵押行为符合《民法典》关于抵押权设立的实质要件（如双方真实意思表示、签订书面抵押合同）和形式要件（如办理抵押登记，农村宅基地抵押需经集体经济组织书面同意并登记），则抵押权人享有优先受偿权。此时，申请执行人（债权人）虽可申请执行该宅基地，但需通过拍卖、变卖等方式变现，且抵押权人优先于普通债权人受偿。若抵押财产变现后不足以清偿全部债务，剩余部分可继续向借款人其他财产主张。

2. 抵押权未有效设立或存在瑕疵时

   • 未办理登记：根据《民法典》第402条，以不动产抵押的应当办理抵押登记，未登记则抵押权未设立。此时宅基地仍属于借款人责任财产，债权人可申请执行，但需与其他普通债权人按比例受偿。
     
   • 违反法律强制性规定：若抵押行为违反《民法典》第399条（如宅基地使用权不得单独抵押）或地方性法规（如部分地区禁止农村宅基地流转），抵押合同可能被认定无效。此时债权人仅能以普通债权人身份申请执行，且需承担抵押合同无效的过错责任（如借款人恶意抵押，债权人未尽审查义务等）。

3. 执行中的特殊限制

   • 执行标的受限：根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》，若宅基地是借款人及其所扶养家属生活所必需的居住房屋，法院可查封但不得拍卖、变卖或抵债（除非债权人同意以物抵债且不损害其他债权人利益）。
     
   • 集体土地性质障碍：农村宅基地属于集体所有，执行时需符合《土地管理法》关于土地流转的规定（如仅限本集体经济组织成员内部流转）。若买受人非本集体成员，可能导致执行程序受阻。

建议：

1. 核实抵押权是否依法设立（重点审查抵押合同、集体经济组织同意文件、登记手续）；
   
2. 评估宅基地是否属于借款人唯一住房及买受人资格问题；
   
3. 若抵押有效，优先通过协商或参与分配程序实现债权；若抵押无效，及时调整执行策略，转向借款人其他财产。
   

如需进一步分析具体案情，可提供抵押合同、登记证明等材料，我将结合证据给出针对性方案。