结论：双方签订以房抵债协议后，能否合法进入该房屋取决于多个因素，包括协议的效力、房屋的权属状况以及是否履行了必要的法律程序等。以下从不同角度进行详细分析：
一、协议效力分析
协议成立与生效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在以房抵债协议中，双方已签字（或摁手印）并认可协议内容，这通常满足了合同成立的形式要件。
- 协议的生效除了满足成立要件外，还需内容合法、不违反公序良俗等实质要件。若协议内容真实、合法，且双方具有相应的民事行为能力，则协议自成立时即具有法律效力。
特殊情况考虑：
- 如果协议中特别约定了需要公章或特定形式的确认才能生效，那么这一约定应当得到尊重。然而，在没有特别约定的情况下，只要双方签字或按手印，协议就具备了法律效力。
二、房屋权属与进入合法性
房屋权属清晰：
- 在签订以房抵债协议前，必须确保房屋的权属清晰，即房屋的所有权归属于债务人或债务人有权处分该房屋。如果房屋存在权属纠纷或已被查封、抵押等，则协议可能无效或无法履行。
履行必要法律程序：
- 即使协议有效且房屋权属清晰，也不能直接进入房屋。通常需要履行一定的法律程序，如办理房屋过户手续、交付房屋钥匙等。在未履行这些程序前，擅自进入房屋可能构成侵权或违法行为。
债权人权利行使：
- 债权人（即接收房屋的一方）在协议有效且房屋权属清晰的情况下，有权要求债务人履行协议，包括交付房屋。但债权人应通过合法途径行使权利，如协商、诉讼等，而不是擅自进入房屋。
三、法律后果与风险提示
擅自进入房屋的法律后果：
- 如果债权人擅自进入房屋，可能构成侵权行为，需要承担侵权责任，包括赔偿债务人因此遭受的损失等。
- 如果房屋已被查封、抵押或存在其他权属纠纷，擅自进入房屋还可能涉及更复杂的法律问题，甚至可能面临刑事责任。
风险提示：
- 在签订以房抵债协议前，建议双方充分了解房屋的权属状况、是否存在查封、抵押等情况，并咨询专业律师的意见。
- 在协议履行过程中，双方应遵守法律法规和协议约定，通过合法途径行使权利和履行义务。
四、建议与措施
咨询专业律师：
- 在签订以房抵债协议前和履行过程中，建议双方咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。
完善协议条款：
- 协议中应明确约定房屋的权属状况、交付时间、交付方式等关键条款，以避免可能的纠纷和风险。
履行必要法律程序：
- 在协议履行过程中，双方应履行必要的法律程序，如办理房屋过户手续等，以确保协议的顺利履行。
总结来说，双方签订以房抵债协议后，不能直接合法进入房屋。需要确保协议的效力、房屋的权属状况以及履行必要的法律程序等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。